抄録/ポイント：
抄録/ポイント
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モチベーションセル-細胞コミュニケーションは,内部細胞状態,例えば遺伝子発現と細胞機能を調節し,正常な発達と疾患状態において重要な役割を果たす。さらに,単一細胞RNA配列決定法は,高度に可変な遺伝子(HVG)の細胞から細胞への発現変動を明らかにし,それはまた重要である。それにもかかわらず,細胞-細胞コミュニケーションを介したHVGの細胞-細胞発現変動の調節は,まだほとんど研究されていない。最近の空間トランスクリプトーム法の出現は,遺伝子発現プロファイルを単一細胞の空間状況に関連させ,これらの調節を明らかにする機会を提供した。既存の計算法は,隣接細胞タイプにより影響される発現レベルを有する遺伝子を抽出する。しかし,限界は量的および解釈性に留まっている:それらはHVGに焦点を合わせず,多重隣接細胞型の効果も考慮しない。【結果】ここでは,空間トランスクリプトームデータに基づいて,HVGの細胞-細胞発現変動に対する多重隣接細胞型の影響として,細胞-細胞通信を同定するための統計的フレームワークであるCCPLS(部分最小二乗回帰モデリングによるセル-セル通信分析)を提案した。各細胞型に対して,CCPLSはPLS回帰モデリングを行い,細胞-細胞通信の定量的指標としての係数を報告した。模擬データを用いた評価は,この方法がHVGに対する多重隣接細胞型の影響を正確に推定したことを示した。さらに,2つの実際のデータセットへの応用は,CCPLSが推論された細胞-細胞コミュニケーションから生物学的に解釈可能な洞察を抽出できることを示した。Rパッケージはhttps://github.com/bioinfo tsukuba/CCPLSで利用可能である。データはhttps://github.com/bioinfo tsukuba/CCPLS_peaで利用可能である。接触haruka.ozaki@md.tskuba.ac.jp補足的情報Suppmentaryデータは,オンラインでバイオインフォマティクスで利用可能である。【JST・京大機械翻訳】
