マルチ祖先微細マッピングはトランスクリプトームワイド関連研究における原因遺伝子を同定するための精度を改善する【JST・京大機械翻訳】

Lu, Z.; Gopalan, S.; Yuan, D.; Conti, D. V.; Pasaniuc, B.; Gusev, A.; Mancuso, N.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202211216156400 整理番号：22P0315007

マルチ祖先微細マッピングはトランスクリプトームワイド関連研究における原因遺伝子を同定するための精度を改善する【JST・京大機械翻訳】

Multi-ancestry fine-mapping improves precision to identify causal genes in transcriptome-wide association studies

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発行年： 2022年02月11日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年02月11日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

トランスクリプトームワイド関連研究(TWAS)は,その発現が複雑な疾患リスクと関連する遺伝子を同定する強力なアプローチである。しかし,非因果遺伝子は,TWASシグナルの微細マッピングを必要とするゲノムリスク領域における連鎖不平衡パターン(LD)とeQTL pleiotrophyによる交絡により,会合シグナルを示すことができる。ここでは,興味ある形質の根底にある遺伝子の同定改善のためのマルチスタンストリフレームワークであるMA-FOCUSを提示した。著者らは,LDとeQTL信号の祖先特異的パターンにおける差異をレバージすることによって,MA-FOCUSは,複数のメトリックスにわたって等価総サンプルサイズで,一貫して単一ストリージファインマッピングアプローチより優れていることを実証した。主にヨーロッパとアフリカ大陸のコホートからゲノムワイド要約統計(平均NEA=511k,NAA=13k)とリンパ芽球細胞株eQTLデータを用いて15の血液形質TWASを行った。2つの祖先グループ間のeQTLと血液形質に対する共有遺伝構造を示す証拠を再現し,遺伝子レベル効果がSNPレベル効果と比較して,祖先を通して20%以上強く相関することを観察した。MA-FOCUSを用いて微細マッピングを行い,TWASリスク領域における遺伝子が,祖先特異的よりむしろ,祖先を通して共有される可能性が高い証拠を見出した。著者らの知見を検証するための複数の証拠を用いて,MA-FOCUSにより産生された遺伝子セットが,代替アプローチ(P=1.73x10-16)と比較して造血カテゴリーにおいてより濃縮されていることを見出した。本研究は,遺伝的多様性を含み,適切に説明することは,複雑な形質の遺伝的構造へのより深い洞察を駆動できることを示している。【JST・京大機械翻訳】

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, , , , , , , 【Automatic Indexing@JST】

分子・遺伝情報処理 , 遺伝的変異 , 遺伝学研究法 , 遺伝子の構造と化学

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