蛋白質収束のエラー補正速度を用いたマクロ進化遺伝子型-表現型関連の検出【JST・京大機械翻訳】

Fukushima, K.; Pollock, D. D.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202211330268552 整理番号：22P0330622

蛋白質収束のエラー補正速度を用いたマクロ進化遺伝子型-表現型関連の検出【JST・京大機械翻訳】

Detecting macroevolutionary genotype-phenotype associations using error-corrected rates of protein convergence

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発行年： 2022年04月07日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年04月07日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

大型進化時間スケールにおいて,広範な変異と系統発生的不確実性は,収束進化の根底にある遺伝子型-表現型相関のシグナルをマスクする。この問題を克服するために,非同義対同義置換率比の広く使用されたフレームワークを拡張し,蛋白質進化の誤差補正収束速度を測定する新しいメトリック{オメガ}Cを開発した。{omega}Cは,シミュレーションおよび実際の例において遺伝的ノイズおよび系統発生誤差から自然選択を区別するが,その精度は表現型仮説または候補遺伝子なしに適応分子収束の探索ゲノムワイド探索を可能にする。遺伝子発現データを用いて,脊椎動物遺伝子における20百万の分岐組合せを探索し,機能的に重要な部位におけるアミノ酸置換による発現パターンと蛋白質配列の共同収束を同定し,非発見表現型に関する仮説を提供した。さらに,この方法を発見的アルゴリズムで拡張し,計算的非自明高次系統発生組合せ間の高反復収束を検出した。本アプローチは,数百百万年にわたって分岐した系統においても,遺伝子型-表現型関連のための双方向探索を可能にする。【JST・京大機械翻訳】

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進化論一般

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