DNA鎖置換の最初の通過時間研究【JST・京大機械翻訳】

Broadwater, D. W. Bo Jr.; Cook Alexander W.; Kim Harold D.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202211372683002 整理番号：21P0032792

DNA鎖置換の最初の通過時間研究【JST・京大機械翻訳】

First passage time study of DNA strand displacement

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発行年： 2020年05月21日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2021年05月20日
JST資料番号： O7000B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

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一本鎖核酸がDNA二本鎖に侵入するDNA鎖置換はゲノム過程とDNA工学応用において広まっている。ストランド変位の速度論をバルクで研究した。しかし,基礎となる鎖交換の動力学は遅い二分子会合段階によって混乱した。ここでは,単分子鎖置換の最初の通過時間の完全な分布を得るために,「分裂」アッセイと呼ばれる新しい単一分子蛍光共鳴エネルギー移動(smFRET)アプローチを用いた。4.4msのフレーム時間で,14ntの変位ドメインの最初の通過時間分布は,ほとんど遅れないほぼ単調な減衰を示した。テストした8つの異なる配列の中で,平均変位時間は平均35msで,13倍まで変化した。測定した変位動力学も,T→U置換を除いて,相補的侵入者と同一塩基配列のRNAとDNA侵入者の間で変化した。しかし,変位時間は0.25M~1Mの範囲で一価塩濃度にはほとんど鈍感であった。1次元ランダムウォークモデルを用いて,単一ステップ変位時間は,ベースアイデンティティに依存して,Δλ≦30μsからε≦300μsの範囲にあると推論する。ここで提示したフレームワークは,単一分子レベルで調べた多段階プロセスの速度論的解析に広く応用可能である。【JST・京大機械翻訳】

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核酸一般

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