表面多孔性微細加工ナノLCカラムを用いた還元キャリーによるディーププロテオームプロファイリング【JST・京大機械翻訳】

Stejskal, K.; Op de Beeck, J.; Matzinger, M.; Duernberger, G.; Boychenko, O.; Jacobs, P.; Mechtler, K.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202211432048018 整理番号：22P0028194

表面多孔性微細加工ナノLCカラムを用いた還元キャリーによるディーププロテオームプロファイリング【JST・京大機械翻訳】

Deep proteome profiling with reduced carry over using superficially porous microfabricated nanoLC columns

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発行年： 2022年10月25日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年10月25日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

LC-MSベースのプロテオミクスの分野において,サンプリング深さとプロテオーム被覆率の増加は,質量分析計技術の急速な進歩によって主に達成された。しかし,生成できるデータの総合性と品質は,ナノ液体クロマトグラフィー(ナノLC)分離によって提供される性能にも依存する。逆相分離カラムの適切な選択は,最高の可能な濃度でペプチドを有するMS装置を提供し,最も高い分解能で分離するために重要である。本研究では,固定相としてC18官能化表面多孔質マイクロピラーを用いるプロトタイプ生成2uPACナノLCカラムの使用を評価した。伝統的に使われた完全多孔性シリカ固定相と比較して,ヒト細胞株トリプシン消化物の単一ショットデータ依存性LC-MS/MS分析を行うとき,より多くの前駆体を特性化できた。30%以上の蛋白質グループと60%のよりユニークなペプチドを,短い勾配(10分)と限られた試料量(10-100ngの細胞溶解物消化物)に対して同定した。10,60,120及び180分のLC-MS勾配時間により,カラムに負荷した25,500,1000及び2000ngの試料を用いて,それぞれ2252,6513,7382及び8174蛋白質群を同定した。次の運転(2~3%まで)とメチオニン酸化レベル(最大3倍)の試料キャリーの削減を,付加的性能指数として特定した。ジスクシンイミジルジブチル尿素(DSBU)架橋合成ライブラリーを分析するとき,29から59のよりユニークな架橋ペプチドを,1~2%の実験的に検証された偽発見率(FDR)で同定できた。【JST・京大機械翻訳】

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, , , 【Automatic Indexing@JST】

蛋白質・ペプチド一般 , クロマトグラフィー,電気泳動 , 液体クロマトグラフィー

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