完全読取に向けて:de Bruijnグラフ上のマッピングによる短い読取の自己修正【JST・京大機械翻訳】

Limasset Antoine; Flot Jean-Francois; Peterlongo Pierre

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202211446292817 整理番号：22P0042872

完全読取に向けて:de Bruijnグラフ上のマッピングによる短い読取の自己修正【JST・京大機械翻訳】

Toward perfect reads: self-correction of short reads via mapping on de Bruijn graphs

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発行年： 2017年11月09日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2018年02月08日
JST資料番号： O7000B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

※このプレプリント論文は学術誌に掲載済みです。なお、学術誌掲載の際には一部内容が変更されている可能性があります。

ゲノムアセンブリやハイブリッド長読補正のような下流解析には,移動短読精度が重要である。短読補正に関する多くの研究にもかかわらず,今日の訂正器は,それらの完全な長さ読取情報を考慮に入れることなく,大きなデータセットまたはk-merの単なる集合として読むのに,十分にはスケールしない。【結果】著者らは,de Bruijnグラフを用いて短い読取りを修正する新しい方法を提案して,それをBcoolと呼ばれるツールとして実装した。最初のst epとして,Bcoolは読取から圧縮されたde Bruijnグラフを構築する。このグラフは,k-merの豊度に基づいて,ユニットigの豊度に基づいてフィルタリングされ,その結果,ほとんどの配列決定誤差から除去される。次に,洗浄されたグラフを,読取がそれらを補正するためにマッピングされた参照として使用した。このアプローチにより,k-mer-スペクトル補正器よりもより正確な読取りが得られるが,一方,人間サイズのゲノムデータセットおよびそれ以上にスケーラブルであることが分かる。アベイラビリティと実装はオープンソースであり,Affero GPLライセンスの下でhttp://github.com/Malfoy/BCOOLで利用できる。接触Antoine Limasset antoine.limasset@gメール.com&Jean-Fran c{c}ois Flot jflot@ulb.ac.be&Pierre Peterlongo peterlongo@inria.fr.【JST・京大機械翻訳】

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, , 【Automatic Indexing@JST】

遺伝子の構造と化学 , 分子・遺伝情報処理

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