分子動力学シミュレーションによるRNAポリメラーゼII延長因子に対する蛋白質-核酸相互作用【JST・京大機械翻訳】

Gallardo, A.; Bogart, B. M.; Dutagaci, B.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202211451551685 整理番号：22P0313743

分子動力学シミュレーションによるRNAポリメラーゼII延長因子に対する蛋白質-核酸相互作用【JST・京大機械翻訳】

Protein-Nucleic Acid Interactions for RNA Polymerase II Elongation Factors by Molecular Dynamics Simulations

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発行年： 2022年01月29日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年01月29日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

RNAポリメラーゼII(Pol II)は転写過程の伸長段階を進行させる伸長因子を有する複合体を形成する。この研究では,伸長因子SPT5を検討し,DNAおよびRNAとSPT5のKOW1およびKOW4ドメインの分離した系に対する蛋白質核酸相互作用を検討した。CHARMM c36m,AMBERff14sbおよびff19sbである3つの一般的に使用される力場を用いて分子動力学(MD)シミュレーションを行った。これらのシミュレーションは,天然状態の蛋白質-核酸相互作用の大部分は用いた全ての力場に対して静電結合自由エネルギーの増加を伴って保持されることを示した。RNAは,全ての力場で高度に動的であったが,DNAはCHARMMと比較してAMBER力場で比較的安定な立体配座を示した。さらに,CHARMM c36m力場を用いて完全伸長複合体のMDシミュレーションを行い,分離系における動力学と相互作用を比較した。同様の強いKOW1およびDNA相互作用が完全な伸長複合体シミュレーションで観察され,DNAはPol IIのSPT5-KOW1,SPT4およびrpb2を含む相互作用のネットワークによりさらに安定化した。全体として,著者らの研究は,力場の精度と全相互作用ネットワークの存在が蛋白質-核酸系の動力学を解明するために重要であることを示した。【JST・京大機械翻訳】

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遺伝子発現

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