直接および長期シークエンシングを用いたヒトmRNAにおけるプソイドウリジン修飾およびI型/II型超修飾の半定量的検出【JST・京大機械翻訳】

Tavakoli, S.; Nabizadehmashhadtoroghi, M.; Makhamreh, A.; Gamper, H.; McCormick, C. A.; Rezapour, N.; Hou, Y.-M.; Wanunu, M.; Rouhanifard, S. H.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202211492487614 整理番号：21P0271693

直接および長期シークエンシングを用いたヒトmRNAにおけるプソイドウリジン修飾およびI型/II型超修飾の半定量的検出【JST・京大機械翻訳】

Semi-quantitative detection of pseudouridine modifications and type I/II hypermodifications in human mRNAs using direct and long-read sequencing

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発行年： 2022年11月10日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年11月10日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

哺乳類のmRNA上のプソイドリジル化部位の高信頼同定のための半定量的方法を,直接長読取ナノポア配列決定により開発し,適用した。修正フリートランスクリプトームの比較分析は,被覆率と特異的k-mer配列の深さが正確なベースリングのための重要なパラメータであることを明らかにした。高信頼U-to-Cベースリングエラーに対するこれらのパラメータを調節することにより,著者らは,擬似ウリジン化の多くの既知部位を同定し,新しいウリジン修飾部位を明らかにし,その多くは,プソイドウリジンシンターゼの既知標的であるk-merに陥った。同定部位を,著者らのアプローチを用いた系統的アンダーカリングを示す中心位置に単一擬似ウリジンを有する1000マー合成RNA対照を用いて検証した。7つのユニークな修飾部位を持つmRNAを同定した。このパイプラインは,ナノポア配列データからの天然RNA分子上の低,中及び高占有偽ウリジン修飾の直接検出及び同一鎖上の多重修飾を可能にした。【JST・京大機械翻訳】

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, , , , 【Automatic Indexing@JST】

遺伝子発現 , 核酸一般

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