全ゲノムショットガンデータへのUniFrac計量の利用【JST・京大機械翻訳】

Wei, W.; Koslicki, D.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202211603591050 整理番号：22P0312588

全ゲノムショットガンデータへのUniFrac計量の利用【JST・京大機械翻訳】

Using the UniFrac metric on Whole Genome Shotgun data

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発行年： 2022年01月28日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年01月28日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

UniFrac計量は,メタゲノムコミュニティにわたる多様性を明らかにするのに有用であることが証明されている。この測定の系統発生に基づく性質のため,UniFracは歴史的に16S rRNAデータに適用された。同時に,全ゲノムShotgun(WGS)メタゲノムは,16Sデータより多くの情報を提供することが証明されているが,WGSデータに適したUniFrac様多様性計量は以前には開発されていない。WGSデータに直接適用されるUniFracの主な障害はWGSデータに由来する分類学的関係における系統発生距離の欠如である。本研究では,この固有差を克服し,入力分類プロファイルから得られた分類木に枝長を割り当てることによりWGSデータに関するUniFrac計量を計算する方法を示した。一連の実験を行い,このWGSUniFrac法が従来の16S UniFracに対して比較的ロバストであり,分岐長割当てに対して高感度ではなく,それらがデータ導出またはモデル記述であることを示した。WGSUniFracのプロトタイプを紙の再現性と共に実装するコードは,https://github.com/KoslickiLab/WGSUniFracで利用可能である。【JST・京大機械翻訳】

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, , , , 【Automatic Indexing@JST】

分子・遺伝情報処理 , 微生物形態学・分類学 , 生態系 , 集団遺伝学 , 遺伝子の構造と化学

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