明確なX線およびNMR構造のコアパッキングは同一である【JST・京大機械翻訳】

Grigas Alex T.; Liu Zhuoyi; Regan Lynne; O'Hern Corey S.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202211689606429 整理番号：22P0303178

明確なX線およびNMR構造のコアパッキングは同一である【JST・京大機械翻訳】

Core packing of well-defined x-ray and NMR structures is the same

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発行年： 2022年03月12日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年03月12日
JST資料番号： O7000B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

多くの研究が,溶液NMR分光法により決定した蛋白質構造の違いと類似性,およびX線結晶学により決定したものを調べた。基本的な疑問は,観察された差異が,異なる方法論によるか,または結晶状態に対する溶液中の蛋白質の挙動の違いによるかどうかである。ここでは,高分解蛋白質結晶構造の疎水性コアの性質とNMR構造中のそれらを比較し,増加数と拘束のタイプを用いて決定した。以前の研究は,多くのNMR構造が,高分解能X線結晶構造のそれらと比較して,より密なコアを有することを報告した。本研究では,この結果を詳細に調べ,これらのNMR構造が,小さな非結合原子重なりおよび少数のRamachandranおよび側鎖二面角異常値のような蛋白質立体化学の基本的特徴を破る傾向があることを見出した。NMR構造は,より多くの拘束で解決し,立体化学をあまり損なわないことが,高分解能でのX線結晶学によって決定されたそれらの対応物と同じ大きさと充填率を持つ疎水性コアを持つことを見出した。これらの結果は,少なくともコア充填特性に関して,NMRとX線結晶学によって決定された高品質構造が同一であり,以前報告された差異は,2つの異なる環境における蛋白質間の基本的差異よりもむしろ,むしろ方法論の結果であると結論づける。【JST・京大機械翻訳】

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, , , , , 【Automatic Indexing@JST】

分子構造 , 蛋白質・ペプチド一般

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