in situ濾過による大容量環境DNAサンプラを用いた生物多様性検出の改良と海洋eDNAサンプリング戦略に対する意味【JST・京大機械翻訳】

Govindarajan, A. F.; McCartin, L.; Adams, A.; Allan, E.; Belani, A.; Francolini, R.; Fujii, J.; Gomez-Ibanez, D.; Kukulya, A.; Marin, F.; Tradd, K.; Yoerger, D. R.; McDermott, J. M.; Herrera, S.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202211706049466 整理番号：22P0032365

in situ濾過による大容量環境DNAサンプラを用いた生物多様性検出の改良と海洋eDNAサンプリング戦略に対する意味【JST・京大機械翻訳】

Improved biodiversity detection using a large-volume environmental DNA sampler with in situ filtration and implications for marine eDNA sampling strategies

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資料名：
発行年： 2022年01月12日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年01月12日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

環境DNA試料のメタバーコーディング分析は海洋生物多様性と保存のための有望な新しいツールである。典型的には,海水試料をNiスキンボトルを用いて取得し,eDNAを収集するために濾過した。しかし,標準試料体積は環境の規模に対して小さく,従来の収集戦略は制限され,濾過プロセスは時間がかかる。これらの限界を克服するために,in situ濾過による新しい大容量eDNAサンプラを開発し,配置当たり12試料まで取り込むことができた。メキシコの北西湾のFlower Gard Banks国立海洋Sanctuaryにおけるロボット車両Mesobotに関する著者らのサンプラの3つの展開を行い,深さ20から400mのサンプルを採取した。著者らは,従来のCTD-搭載Niスキンボトル法を用いて採取した小体積([ ̄]2リットル)試料を有するメソボットにより収集した大きな体積([ ̄]40-60リットル)試料を比較した。広範囲の無脊椎動物分類群を検出する18S rRNAのV9領域を配列決定し,両方法は深さに関連する生物多様性変化を検出したが,大きな体積試料はCTD小容積試料よりも約66%多い分類群を検出した。全eDNAシグナルに対する後生動物に由来するeDNAシグナルの分画はサンプリング深さとともに減少し,より大きな体積試料が中遠洋及び深海環境における後生動物の検出に特に重要であることを示した。また,大容積Mesobotと小体積CTD試料セットの両方からの生物学的複製における大きな変動を示した。試料セットの両者は,また,他のものが,メソボット試料に関連したユニークな分類群の数に,CTD試料からのそれらよりもほぼ4倍大きい分類群を同定した。in situ濾過による大容量eDNAサンプリング,特にロボットプラットフォームと組み合わせた場合,海洋生物多様性調査に対する大きな可能性があり,将来の応用に対する実用的方法論的およびサンプリング的考察を議論した。【JST・京大機械翻訳】

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遺伝学研究法 , 遺伝子の構造と化学 , 魚類

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