スリム:空間および時間にわたるデータおよびテーラーメイド個体群ゲノムシミュレーションの統合のためのRパッケージ【JST・京大機械翻訳】

Dinnage, R.; Sarre, S. D.; Duncan, R. P.; Dickman, C. R.; Edwards, S. V.; Greenville, A.; Wardle, G.; Gruber, B.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202211708945523 整理番号：21P0262858

スリム:空間および時間にわたるデータおよびテーラーメイド個体群ゲノムシミュレーションの統合のためのRパッケージ【JST・京大機械翻訳】

slimr: An R package for integrating data and tailor-made population genomic simulations over space and time

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発行年： 2022年03月17日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年03月17日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

複雑な集団ゲノムプロセスを現実的にシミュレートするためのソフトウェアは進化過程の理解を革命し,経験的データをシミュレーションと統合するための新しい機会を提供する。しかし,経験的データによる作業のために設計されたシミュレーションソフトウェアとソフトウェアの間の統合は,現在十分に開発されていない。ここでは,最も強力な集団ゲノムシミュレーションフレームワークの1つと,その強力なデータ操作と解析ツールによるR開発環境,独立ソフトウェアSLiM3.0の間のシームレスリンクを作成するために設計されたRパッケージであるスリムスを提示する。単一環境における遺伝的データ,生態学的データおよびシミュレーション間の円滑な統合をスリムーがどのように促進するかを示した。パッケージは,データ読み,洗浄,および操作で開始するパイプラインを可能にし,シミュレーションのための経験的ベースパラメータと初期条件を構築し,次に,数値シミュレーションを実行し,最終的に,Rによって提供された先進的解析と可視化ツールによって支援された経験的データとの比較に適したフォーマットにおけるシミュレーション結果を検索する。著者らは,砂漠哺乳類の景観個体群ゲノミクスに関する著者ら自身の研究からの例によるスリムスの使用を実証し,データ分析とシミュレーションの両方のための単一統合ツールを有する利点を強調して,SliM3.0の強力なシミュレーション能力をRユーザに直接アクセスし,ソフトウェア環境を切り替える必要のない経験的データを組み込む統合シミュレーションプロジェクトを可能にした。これは,生態学的および進化的過程間の相互作用をより良く理解するために,現実的なシミュレーションを使用する進化生物学者および生態学者にとってより多くの機会を提供する。【JST・京大機械翻訳】

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, , , , , , 【Automatic Indexing@JST】

分子・遺伝情報処理

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