Hi-Cデータの統合クロマチンドメインアノテーショングラフ埋込み【JST・京大機械翻訳】

Shokraneh, N.; Arab, M.; Libbrecht, M. W.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202211716052007 整理番号：22P0334634

Hi-Cデータの統合クロマチンドメインアノテーショングラフ埋込み【JST・京大機械翻訳】

Integrative chromatin domain annotation throughgraph embedding of Hi-C data

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発行年： 2022年12月15日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年12月15日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

ゲノムのドメインへの組織化は,遺伝子発現および他の細胞活性において中心的役割を果たす。研究者は,主に2つの見解,すなわちChIP-seqのような1D機能アッセイとHi-Cのようなクロマチン立体配座アッセイを通してゲノムドメインを同定した。完全に理解するドメインは,これらの2つの見解を結合する統合的モデリングを必要とする。しかし,統合的モデリングの優勢な形態は,接触の遺伝子座が同一ドメインタイプを共有する可能性が高いという剛体仮定とともに,セグメンテーションとゲノムアノテーション(SAGA)を用いるが,これはエピゲノムドメインタイプとゲノムワイドクロマチン相互作用には必ずしも当てはまらない。結果:ここでは,1D機能的ゲノムシグナルとゲノムワイド3D相互作用のHi-C測定の両方を用いて,ペアワイズ事前使用なしにドメインを注釈する統合的アプローチを示した。各ゲノム領域に対応する構造的特徴を学習するためにグラフ埋込みを用いて,次にSAGAアルゴリズムに機能的ゲノム信号とともに学習構造特徴を入力する。このドメインタイプは,ゲノム領域の空間と機能状態の組み合わせを区別する付加的粒度を有するよく知られたサブコンパートメントを再現できることを示した。特に,著者らは,分割されたドメインタイプが,著しく変化する発現レベルを持つように,以前に同定されたA2サブコンパートメントの分割を同定した。アベイラビリティhttps://github.com/nedashokraneh/IChDA接触maxwl@sfu.ca補足情報。【JST・京大機械翻訳】

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, 【Automatic Indexing@JST】

遺伝子発現 , 細胞構成体一般 , 遺伝子の構造と化学

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