CriSNPr:多様なCasシステムを用いたCRISPR診断のためのgRNAのキュレーションおよびデノボ設計のための単一インタフェイス【JST・京大機械翻訳】

Chakraborty, D.; Ansari, A. H.; Kumar, M.; Sarkar, S.; Maiti, S.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202211890619288 整理番号：22P0315608

CriSNPr:多様なCasシステムを用いたCRISPR診断のためのgRNAのキュレーションおよびデノボ設計のための単一インタフェイス【JST・京大機械翻訳】

CriSNPr: a single interface for the curated and de-novo design of gRNAs for CRISPR diagnostics using diverse Cas systems

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発行年： 2022年02月17日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年02月17日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

CRISPRベースの診断(CRISPRDx)による核酸検出と変異体呼び出しは,特にCOVID-19パンデミックの間,臨床意思決定を容易にした。これは,より新規で操作されたCRISPRエフェクターの発見を通してさらに加速され,そのような診断応用のポートフォリオを多様な病原性と非病原性条件に拡大している。しかし,各診断CRISPRパイプラインは,用いたCas蛋白質の基本的原理,そのガイドRNA(gRNA)設計パラメータ,およびアッセイ読出しに由来するカスタマイズ検出スキームを必要とする。これは,CRISPRに基づく診断の即時使用設計に対するin silicoパイプラインが現在存在しない,配列決定に基づくアプローチに対する魅力的な低コスト代替法である変異体検出に特に関連している。この原稿では,統一されたウェブサーバCriSNPr(CRISPRベースのSNP認識)を用いてこのラックを充填し,選択(Fn/enFnCas9,LwCas13a,LbCas12a,AaCas12b,およびCas14a)の6つのCRISPRDx蛋白質に基づく設計gRNAの機会を提供し,関連試料の検証のための即時使用オリゴヌクレオチド配列に対するクエリーを提供した。さらに,これまでに報告されたすべてのヒトおよびSARS-CoV-2変異体に対する,事前設計gRNAおよび標的/オフターゲットのデータベースを提供した。CriSNPrは複数のCas蛋白質で検証され,多重検出プラットフォームにわたる利用のその広い即時範囲を強調する。CriSNPrはURLhttp://crisnpr.igib.res.in/で利用可能である。【JST・京大機械翻訳】

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, , , , , , , 【Automatic Indexing@JST】

遺伝子操作 , オキサゾール,イソオキサゾール

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