WAXS駆動MDシミュレーションにより明らかにされたRNA三重螺旋構造【JST・京大機械翻訳】

Chen, Y. L.; He, W.; Kirmizialtin, S.; Pollack, L.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202212008536025 整理番号：22P0315221

WAXS駆動MDシミュレーションにより明らかにされたRNA三重螺旋構造【JST・京大機械翻訳】

RNA triplex structures revealed by WAXS-driven MD simulations

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発行年： 2022年02月14日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年02月14日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

RNA三重螺旋は,シグナル伝達を含む重要な生物学的機能とますます関連する三次モチーフである。それらの生物学的重要性の認識は比較的最近のので,それらの構造と機能の全範囲はまだ解明されていない。ここで記述したデータ駆動分子動力学(MD)シミュレーションによる溶液広角X線散乱(WAXS)の統合は,結晶学的特性化を回避する主要な溝RNA三重螺旋の構造を捉える新しい方法を提供する。この方法は,測定および計算WAXSプロファイル間の優れた一致をもたらし,これらのモチーフの原子的に詳細な可視化を可能にした。相関マップを用いて,RNA分子の散乱プロファイルと実際の空間特性における明確な特徴間の関係を容易に定義し,第3鎖を塩基三重鎖に組み込むことにより,二本鎖RNAの微妙な立体配座変化を含む。この容易に適用可能なアプローチは,RNA三次構造を安定化し,機能を可能にするいくつかの相互作用にユニークな洞察を提供する。【JST・京大機械翻訳】

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