反復ハード閾値化による多変量ゲノムワイド関連解析【JST・京大機械翻訳】

Chu, B. B.; Ko, S.; Zhou, J. J.; Jensen, A.; Zhou, H.; Sinsheimer, J. S.; Lange, K. L.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202212285765686 整理番号：21P0262767

反復ハード閾値化による多変量ゲノムワイド関連解析【JST・京大機械翻訳】

Multivariate Genomewide Association Analysis by Iterative Hard Thresholding

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発行年： 2022年03月11日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年03月11日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

1Inゲノムワイド関連研究(GWAS)は,複数の相関形質を分析することは,複数の単変量分析を行うのに潜在的に優れている。多変量GWASのための標準法はマーカーごとのマーカーを操作し,計算的に集約的である。反復ハード閾値化(IHT)に基づく多変量GWASのためのペナルティ回帰アルゴリズムを提示し,それを便利なJuliaパッケージMendelIHT.jl(https://github.com/OpenMendel/MendelIHT.jl)に実装した。100形質までのシミュレーション研究において,IHTは,GEMMA線形混合モデルおよびmv-PLINK正準相関分析よりも,類似の真の陽性率,小さい偽陽性率,およびより速い実行時間を示した。UK Biobankデータでは,IHTソフトウェアは20時間で3形質関節解析を完了し,53時間で18-形質関節分析を行い,コンピュータメモリの80GBを必要とした。要するに,著者らのソフトウェアは,遺伝的学者が,すべてのSNPと数十の形質の効果を同時に考慮する単一回帰モデルに適合することを可能にした。【JST・京大機械翻訳】

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分子・遺伝情報処理

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