メッセンジャーRNAにおけるシス調節要素の堆肥化可能性の限界【JST・京大機械翻訳】

Auxillos, J. Y.; Haynes, S. J.; Jain, A.; Alibert, C.; Danecka, W.; Wallace, E. W. J.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202212305286526 整理番号：21P0263444

メッセンジャーRNAにおけるシス調節要素の堆肥化可能性の限界【JST・京大機械翻訳】

Limitations of composability of cis-regulatory elements in messenger RNA

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発行年： 2022年04月16日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年04月16日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

遺伝子は,通常,プロモーターおよびターミネーターのようなコード配列およびシス調節要素(CRE),およびこれらの領域内の短い配列モチーフに要約される。現代のクローニング技術は,離散シス調節モジュールから合成遺伝子構築物の容易な集合を可能にする。しかし,遺伝子発現に対するCREsの寄与が宿主遺伝子における他のCREsに依存するかは不明である。出芽酵母を用いて,異なるCREsのコンポサビリティまたは独立効果の程度を調べた。遺伝子発現に対するターミネーターの定量的効果はプロモーターとコード配列の両方に依存することを確認した。次に,ターミネーター領域内の個々のシス調節モチーフが,mRNA崩壊のトランスクリプトームワイドデータセットを用いて,類似のコンテキスト依存性を示すかどうかを探求した。コンポサビリティの程度を試験するために,異なるプロモーターと対になった種々のターミネーターコンテキスト内のモチーフの組み合わせからなるレポーター遺伝子を構築した。結果は,RNA量に対するモチーフの影響は,その宿主ターミネーターおよび関連したプロモーター配列の両方に依存することを示した。これは,局所および全体的文脈効果の両方を含む,改良モチーフ推論の必要性を強調し,それは,合成遺伝子構築物の工学のためのCREsの正確な使用を助けることができた。【JST・京大機械翻訳】

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遺伝子発現 , 微生物の生化学 , 分子遺伝学一般

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