個体群におけるゲノムのより現実的なモデルに向けて:Markov変調逐次Markov合体【JST・京大機械翻訳】

Dutheil Julien Y.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202212394438202 整理番号：21P0054773

個体群におけるゲノムのより現実的なモデルに向けて:Markov変調逐次Markov合体【JST・京大機械翻訳】

Towards more realistic models of genomes in populations: the Markov-modulated sequentially Markov coalescent

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発行年： 2020年10月16日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2020年10月16日
JST資料番号： O7000B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

合体理論の開発は集団遺伝データからの統計的推論への道を開いた。しかし,ゲノム時代では,基礎となる祖先組換えグラフの複雑性のため,合体モデルは限られている。逐次Markov合体(SMC)は,合体フレームワークの下で完全なゲノムのモデリングを可能にする発見的方法である。それは,1つの二倍体ゲノムの少数から母集団の詳細な人口統計学的歴史の推論を起すが,SMCの現在の実装は,ゲノムに沿った合体プロセスの均一性について非現実的な仮定を作り,組換え速度のようなパラメータの固有の空間的変動性を無視している。ここでは,SMCモデルの歴史的発展をレビューし,パラメータ不均一性の証拠を論じた。次に,SMCの最近開発した拡張に焦点を当てて,この不均一性を扱うためのアプローチを調査した。【JST・京大機械翻訳】

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分子・遺伝情報処理

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