抄録/ポイント：
抄録/ポイント
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B細胞受容体(BCR)レパートリーのAO_SCPLOWBSTRACTC_SCPLOWNext生成配列決定は,抗体仲介免疫反応を理解するためのユビキタスツールとなり,現在,BCRの重鎖サブユニットと軽鎖サブユニットの両方をコードする大量の配列データを有することが一般的である。しかし,重/軽鎖ペアリング情報を保存するハイスループット法の最近の開発まで,これらの試料は,軽鎖配列が重鎖配列対である明確な情報を含んでいなかった。そのようなBCRレパートリー試料の分析における最初のステップの一つは,クローン関連ファミリーへのグループ分け配列であり,そこでは各ステムが単一再配列事象に由来する。しかし,これを達成する多くの方法が開発されているが,これまで,新しく利用可能なペアリング情報を十分に利用していない。この情報は,特に軽鎖に対して,クラスタリング性能を劇的に改善することができる。軽鎖は,その低い多様性と,結果として区別できないナイーブ再配列を有する非クローンファミリーの豊度のため,クローンファミリー推論のために伝統的に挑戦されてきた。ここでは,クローン関連ファミリーへのデータのより正確な分割に到達するために,このペアリング情報をクラスタリングプロセスに組み込む方法を示した。また,不完全なペアリング情報を固定する2つの方法を示し,それは単純化された試料調製と増加した配列決定深さを可能にした。最後に,部分ソフトウェアパッケージ(https://github.com/psathyrella/partis)に対するいくつかの他の改良について述べた。AO_SCPLOWUTHORC_SCPLOW SO_SCPLOWUMMARYC_SCPLOWAntibodyは,適応免疫反応の一部を形成し,ワクチン接種と感染の両方により獲得された免疫に重要である。B細胞受容体(BCR)レパートリーの次世代配列決定は,抗体が生ずるDNA配列の広い高度に有益な見解を提供する。しかし,最近まで,この配列決定データは,機能的抗体を構成する2つのドメイン(別々の染色体から)を一緒に対合できなかった。本論文では,完全抗体に対するシーケンスデータを一緒にする新しいペアデータの分析を改善するいくつかの方法を提示する。著者らはまず,同じ祖先細胞から配列するシーケンスをよりよくグループ化する方法を示し,「クローンファミリー推論」と呼ばれる問題を解決した。次に,配列対が完全な抗体を形成するためのデータ同定において,様々な不完全性を補正することができる2つの方法を示し,これにより,かなり単純化された実験方法を可能にする。【JST・京大機械翻訳】
