SARS-CoV-2ビリオンのマルチスケール粗粒モデル【JST・京大機械翻訳】

Yu, A.; Pak, A. J.; He, P.; Monje-Galvan, V.; Casalino, L.; Gaieb, Z.; Dommer, A. C.; Amaro, R. E.; Voth, G. A.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202212484813908 整理番号：22P0249558

SARS-CoV-2ビリオンのマルチスケール粗粒モデル【JST・京大機械翻訳】

A Multiscale Coarse-grained Model of the SARS-CoV-2 Virion

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発行年： 2020年10月02日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2020年10月02日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

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重症急性呼吸器症候群コロナウイルス2(SARS-CoV-2)は,COVID-19パンデミックの原因物質である。完全なウイルス粒子のコンピュータシミュレーションは,集合,出芽,エグレッション,侵入,および融合を含む大規模なウイルスプロセスへの理論的洞察を提供することができる。しかし,詳細な原子論的シミュレーションは,より短い時間スケールに制約され,これらのプロセスに対して10億原子シミュレーションを必要とする。ここでは,SARS-CoV-2ビリオンの大きな「ボトムアップ」粗粒(CG)モデルの現状と進行中の開発を報告する。低温電子顕微鏡(cryo-EM),X線結晶学,および計算予測の組み合わせからの構造データを用いて,構造SARS-CoV-2蛋白質の分子モデルを構築し,次に完全なビリオンモデルに集合させた。CG分子相互作用が全原子シミュレーションからどのように誘導されるか,原子論的シミュレーションで捕獲するのが困難なウイルス挙動をCGモデルに組み込むことができるか,またCGモデルが新しいデータが公的に利用可能になるのでいかに反復的に改善できるかを述べた。著者らの初期CGモデルと提示した詳細方法は,SARS-CoV-2ビリオンのマルチスケールシミュレーションを実行するのに興味を持つCOVID-19に関する研究者の資源として役立つことを意図する。意義:本研究は,SARS-CoV-2ビリオンに対する分子モデルの構築を報告し,モデル精密化に向けた著者らのマルチスケールアプローチを詳述した。得られたモデルと方法を,SARS-CoV-2ビリオンのシミュレーションを,適用し,可能にする。【JST・京大機械翻訳】

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ウイルスの生化学 , 感染症・寄生虫症一般

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