抄録/ポイント：
抄録/ポイント
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Summary Corescent法は,ゲノムスケールデータセットから系統発生関係を与えるための連結(超マトリックス)アプローチの代替を提供する。巨大なデータセットを考えると,対照的な系統ゲノムパラダイム間の広い一致がしばしば得られるが,経験的研究は,通常,連結と合体結果の間のいくつかのよく支持された対立と,代替の合体法から推定される種木の間のいくつかのよく支持された対立を示す。分割されたサポートインデックスは,矛盾するノードで不可解な影響を与える異常値遺伝子座をピンポイントすることによって,これらの不一致を裁判するのを助けることができる。最近,ASTRALとMP-ESTのような要約合体法のために,個々の遺伝子樹木の総和適合を用いて,種木を推定するため,分割コアレッセンスサポート(PCS)を開発した。しかし,距離ベースの合体法(例えば,STAR,NJst,ASTRID,STEAC)を適用するとPCSは実装できない。ここでは,個々の遺伝子樹木の反復的除去を用いる新しい指数である分割された合体枝長(PCBL)の自動計算により,この欠陥を扱い,距離ベースの合体木における各クレードに対する各遺伝子の影響を評価した。5つの系統ゲノムデータセットの再解析は,STARとNJst樹木のPCBLが,クレードの全体的な安定性/不安定性を定量化し,最適性ベースの合体分析の結果との不一致を明らかにすることを示す。PCBLスコアは,重度の欠損分類群,頂端巣形成,誤根,および基底抗力低下バイアスを明らかにした。議論された例は,これらのバイアスを駆動する異常値遺伝子木の総過体重を示す。PCBLスコアによって明らかにされた相互関連バイアスのために,特に多くの分類群が分析されるとき,注意は,STARとNJstを使用するとき,運動されるべきであり,欠測データは,非ランダム分布であり,そして,広範囲にわたる遺伝子-樹木再構成誤差が疑われる。最適性ベースの合体法MP-ESTにおける同様のバイアスは,STAR,NJst,およびMP-ESTによって推定された種樹木間の一致が,系統発生関係のための独立のコロボレーションとして解釈すべきではないことを示す。その方法間のこのような一致は,3つのすべての要約的合体法の一般的な欠陥による可能性がある。【JST・京大機械翻訳】
