蛋白質立体配座空間を研究するためのトポロジーデータ解析とRRTの利用【JST・京大機械翻訳】

Dehghanpoor, R.; Afrasiabi, F.; Haspel, N.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202212539411758 整理番号：21P0263809

蛋白質立体配座空間を研究するためのトポロジーデータ解析とRRTの利用【JST・京大機械翻訳】

Using Topological Data Analysis and RRT to Investigate Protein Conformational Spaces

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発行年： 2022年01月16日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年01月16日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

蛋白質の異なる機能がどのように機能するかを理解するための必須段階は,それらの立体配座空間を探索することである。しかしながら,蛋白質における立体配座変化の群れの性質のため,蛋白質立体配座空間を調査することは,実験的に行うための挑戦的な仕事である。それにもかかわらず,計算法は,これらの立体配座経路を探索するために実用的であることを示した。本研究では,これらの経路を探索するために,迅速探索ランダムツリーアルゴリズムとモンテカルロ基準の組み合わせを用いる,RRTMCと呼ばれる以前に導入したアルゴリズムを評価するために,トポロジーデータ解析(TDA)法を使用した。TDAを用いて,RRTMCにより生成する中間立体配座を同定し,それらが既存の既知中間体立体配座にどの程度近いかを調べた。RRTMCにより生成する中間体立体配座は既存の実験データに近く,TDAは蛋白質立体配座サンプリング法を分析するための有用なツールであると結論した。【JST・京大機械翻訳】

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, 【Automatic Indexing@JST】

分子構造 , 分子・遺伝情報処理 , 分子の立体配置・配座

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