生態系全体にわたる土壌蛋白質の潜在的翻訳後修飾のデータベースに依存しない解析【JST・京大機械翻訳】

Starke, R.; Schaepe, S. S.; van den Bossche, T.; Martinovic, T.; Fernandes, M. L. P.; Delgado-Baquerizo, M.; Bastida, F.; Jehmlich, N.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202212638643741 整理番号：22P0316310

生態系全体にわたる土壌蛋白質の潜在的翻訳後修飾のデータベースに依存しない解析【JST・京大機械翻訳】

Database-independent analysis of probable post-translational modifications of soil proteins across ecosystems

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発行年： 2022年02月25日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年02月25日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

蛋白質に対する測定ペプチドスペクトルの同定率は,最良ケースシナリオで1%を引っ掻き傷つける。数千の貴重なスペクトルが,データベースにおける実行可能なマッチが見つかることなく失われる。ここでは,参照データベースの必要のない可能性のある翻訳後修飾(PTM)を抽出する目的で,異なる植生(39の森林,11の草原,および13の灌木地)を有する3つの生態系からの63の土壌サンプルに対する品質管理のためのツールとして,以前にMSnbaseに実装されたデルタm/zプロットを適用した。このアプローチの妥当性を,それぞれの1Da質量間隔に対して提案されたアミノ酸を用いて検証し,蛋白質中の相対存在量と比較した。質量間隔に対して提案された平均可能なPTMと既知のPTMは,生態系全体で類似していることを見出した。さもなければ,11のマス間隔は3つの生態系の相対的豊度において有意に変化したが,1つだけの注釈が提案された。本アプローチは,土壌メタプロテオミクスにおけるデータベース独立解析の機会を強調するだけでなく,未知のPTMの標的分析の道を開いた。【JST・京大機械翻訳】

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, 【Automatic Indexing@JST】

分子・遺伝情報処理 , 分子構造

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