長鎖非コードRNAのアンチセンスオリゴヌクレオチド仲介摂動は幹細胞および細胞型における機能的特徴を明らかにする【JST・京大機械翻訳】

Yip, C. W.; Hon, C.-C.; Yasuzawa, K.; Mundackal Sivaraman, D.; Ramilowski, J. A.; Shibayama, Y.; Agrawal, S.; Prabhu, A. V.; Parr, C.; Severin, J.; Lan, Y. J.; Dostie, J.; Nishiyori-Sueki, H.; Tagami, M.; Ito, M.; Lopez-Redondo, F.; Kouno, T.; Chang, J.-C.; Luginbuhl, J.; Kato, M.; Murata, M.; Yip, W. H.; Shu, X.; Abugessaisa, I.; Hasegawa, A.; Suzuki, H.; Yagi, K.; Kasukawa, T.; de Hoon, M. J. L.; Carninci, P.; Shin, J. W.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202212668049259 整理番号：22P0315492

長鎖非コードRNAのアンチセンスオリゴヌクレオチド仲介摂動は幹細胞および細胞型における機能的特徴を明らかにする【JST・京大機械翻訳】

Antisense oligonucleotide-mediated perturbation of long non-coding RNA reveals functional features in stem cells and across cell types

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資料名：
発行年： 2022年12月13日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年12月13日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

FANTOM6コンソーシアムの範囲内で,ヒト誘導多能性幹(iPS)細胞における200の長い非コードRNA(lncRNA)の大規模ノックダウンを行い,自己再生および多能性におけるそれらの役割を系統的に特性化した。トランスクリプトームプロファイリングによる123lncRNAのノックダウンから細胞増殖阻害を示す36lncRNA(18%)を見出し,36lncRNA(29.3%)は分子表現型を示した。クロマチン相互作用アッセイによる分子表現型の統合は,潜在的一次標的としてシスおよびトランス相互作用パートナーをさらに明らかにする。さらに,細胞型濃縮分析は,LINC02595,CATG00000090305.1及びRP11-148B6.2のノックダウンがiPS細胞のコロニー形成を調節する一方で,多能性と関連するlncRNAを同定した。これらの結果を以前に発表された線維芽細胞表現型データと比較し,lncRNAの2.9%が一貫した細胞増殖表現型を示すことを見出したが,分子表現型では58.3%の一致を観察した。これは,分子表現型決定が,影響を受けた経路を明らかにする際により包括的である。【JST・京大機械翻訳】

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, , , , , , 【Automatic Indexing@JST】

腫ようの化学・生化学・病理学 , 遺伝子発現

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