ヒツジ核ゲノムに統合された内在性レトロウイルス(ERV)の性質と染色体景観【JST・京大機械翻訳】

Mustafa, S. I.; Schwarzachera, T.; Heslop-Harrison, J.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202212898612246 整理番号：22P0315069

ヒツジ核ゲノムに統合された内在性レトロウイルス(ERV)の性質と染色体景観【JST・京大機械翻訳】

The nature and chromosomal landscape of endogenous retroviruses (ERVs) integrated in the sheep nuclear genome

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発行年： 2022年02月11日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年02月11日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

内因性レトロウイルス(ERV)は脊椎動物の様々な種のゲノムに統合されるレトロウイルス起源のゲノム成分を表す。これらのゲノム要素はモデル生物とヒトで広く特性化されてきた。しかし,ERVの構成と豊度は,すべての家畜で十分に分類されていない。次世代配列決定技術の出現,バイオインフォマティクスツールの開発,ゲノムデータベースの入手可能性,および分子細胞遺伝学的技術は,ゲノム構造の探査を革命した。ここでは,2つのイラチ国内ヒツジ品種からのハイスループット配列決定(HTS)データから,Jagsiekteヒツジレトロウイルス(JSRV)のERVと完全ゲノムの性質,豊度,組織化と集合を調べた。グラフベース読取クラスタリング(RepeatExplorer),短いモチーフ(k-mers)の周波数解析,参照ゲノム集合へのアラインメントおよび蛍光in situハイブリダイゼーション(FISH)を用いた。ERVの3つのクラスを,分析した全ゲノム配列決定生読から0.55%の全ゲノム比率で同定し,一方,ヒツジ中期染色体へのFISHは,これらのERVの分散分布に対して豊富な動原体を示した。さらに,2つのIraqiヒツジ品種のJSRVの完全なゲノムを集合させ,世界中のヒツジで既知のenJSRVプロウイルスと系統発生的にクラスター化した。哺乳類ERVの部分および完全な配列の特性化は,ゲノム景観への洞察を提供し,将来のゲノムアセンブリを助け,ERVが活性になる場合,疾患の潜在的起源を同定するのに有用である。【JST・京大機械翻訳】

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ウイルスの生化学

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