抄録/ポイント：
抄録/ポイント
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遺伝子調節の変化は,古細菌ホミン(AHs)-NeanderalsおよびDenisovans-および現代のヒト(MHs)の発散の主要な駆動因子であった。ゲノムの三次元(3D)折畳みは遺伝子発現の調節に重要である;しかし,古代試料の分解がAH3Dゲノム折畳みの実験的決定を許さないので,最近のヒト進化におけるその役割は調べられていない。このギャップを埋めるために,著者らは,DNA配列からNeanderhal,Denisovan,および多様なMHゲノムへの3Dゲノム組織化を推論するための新規な深層学習法を適用する。ゲノムを横切る3D接触マップを用いて,AHとMHの間の分岐3Dゲノム構成を有する167の異なる領域を同定した。これらの3D分岐遺伝子座は,眼窩上稜,毛,肺,免疫応答および認知の機能および形態に関連する遺伝子に富んでいることを示した。これらの特異的分岐遺伝子座にもかかわらず,AHsとMHsの3Dゲノムは配列分岐に基づく予想より類似であり,3Dゲノム組織化を維持する圧力はhominin配列進化を制約することを示唆した。また,3Dゲノム組織がMHにおけるAH祖先の景観を制約し,現代のユーラシアにおける侵入のために3D変動のより耐性が高い地域が豊富であることも見出した。最後に,現代のユーラシアがAH祖先から新しい3Dゲノム折畳みを継承する遺伝子座を同定し,これらの遺伝子移入ハプロタイプに関連する表現型に対する推定分子機構を提供した。要約すると,古細菌3Dゲノム組織を予測するための深層学習の応用は,以前に観察できない生物学的差異を明らかにするために,古代DNAから分子表現型を与える可能性を例証する。古細菌ホミンインの3Dゲノム構成は,現代のヒトとの比較を容易にするために配列から推論できる。ヒトとNeanderalsの間の3Dゲノム折畳み分岐を有するC_LIO_LILociは,眼窩上稜,毛,肺,免疫応答,および認知における機能的差異を強調する。C_LIO_LI3Dゲノム組織は最近のヒト進化を制約した。3Dゲノム組織の変化に対するC_LIO_LIToleranceは,現代のヒトにおけるNeandertha ancetryの景観を形づく。C_LIO_LINean introgrationはユーラシアへの新規3Dゲノム折畳みパターンに寄与した。C_LI_LI。【JST・京大機械翻訳】
