ブタにおけるエキソン-イントロン分割分析(EISA)を用いたマイクロRNA駆動転写後調節のモデリング【JST・京大機械翻訳】

Marmol-Sanchez, E.; Cirera, S.; Zingaretti, L.; Jacobsen, M. J.; Ramayo-Caldas, Y.; Jorgensen, C. B.; Fredholm, M.; Cardoso, T. F.; Quintanilla, R.; Amills, M.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202213052197129 整理番号：21P0260715

ブタにおけるエキソン-イントロン分割分析(EISA)を用いたマイクロRNA駆動転写後調節のモデリング【JST・京大機械翻訳】

Modeling microRNA-driven post-transcriptional regulation by using exon-intron split analysis (EISA) in pigs

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発行年： 2022年04月11日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年04月11日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

mRNA調節に対するマイクロRNA(miRNAs)の寄与は,ダウンレギュレートされた遺伝子のポストホック選択によりしばしば探索され,それらが関心のあるmiRNAの結合部位を有するかどうかを決定する。しかしながら,このアプローチは,これらのmRNAが転写レベルでダウンレギュレートされるかどうかを区別しない。ここでは,2つのブタ組織でのmRNA発現の転写および転写後変化,すなわち,絶食の中殿筋および痩せたDuroc-Gottingenミニブタの脂肪組織および脂肪組織の脂肪組織を特徴づけた。RNA-seqデータのエクソン-イントロン分割分析(EISA)は,給餌または肥満状態の高転写後シグナルを有するダウンレギュレートされたmRNAの同定を可能にし,これら2つの生理学的状態のいずれにおいてもアップレギュレートされたmiRNAの結合部位を有するかどうかを評価した。給餌された雌豚の筋肉において高い転写後シグナルを持つ26の下方制御されたmRNAを見出し,これらのうちの21は給餌状態でもアップレギュレートされたmiRNAの標的を予測した。脂肪組織では,肥満ミニブタの44のダウンレギュレートされたmRNAは,高い転写後シグナルを示し,これらのうちの25は,肥満状態でアップレギュレートされたmiRNAの標的であった。これらの結果は,mRNA抑制へのmiRNAの寄与が骨格筋系においてより顕著であることを示唆する。最後に,ブタ骨格筋(DKK2及びPDK4)及び脂肪(SESN3及びESRRG)組織のエネルギーホメオスタシスにおいて関連する役割を果たすいくつかの遺伝子を同定した。mRNA発現における転写後変化から転写を区別することにより,EISAは遺伝子発現の調節に関する貴重な見解を提供し,正準差次的発現解析に相補的である。【JST・京大機械翻訳】

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, , , , 【Automatic Indexing@JST】

遺伝子発現

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