ヘキサペプチドにおけるコハク酸アミロイドと非アミロイドパターン【JST・京大機械翻訳】

Keresztes Laszlo; Szogi Evelin; Varga Balint; Farkas Viktor; Perczel Andras; Grolmusz Vince

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202213078409868 整理番号：22P0296643

ヘキサペプチドにおけるコハク酸アミロイドと非アミロイドパターン【JST・京大機械翻訳】

Succinct Amyloid and Non-Amyloid Patterns in Hexapeptides

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発行年： 2022年02月28日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年02月28日
JST資料番号： O7000B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

ヘキサペプチドは蛋白質を含むポリペプチドのアミロイド形成特性を研究するためのモデル系として広く適用されている。最近,大きな実験データベースがアミロイド形成ラベルで公開されているようになった。訓練と試験目的のためのこれらのデータセットを用いて,ペプチドのアミロイド状態を予測するための人工知能(AI)ベースの分類器を構築する。著者らの以前の研究(生体分子,11(4)500,2021)において,著者らはサポートベクトルマシン(SVM)ベースのブダプストアミロイドプレディクタ(ウルル{https://pitgroup.org/bap})を記述した。ここでは,ペプチドのアミロイド状態をさらに理解するための驚くべきおよび簡潔な新しい規則として,80%と84%の間の精度を有する多数のアミロイド生成および非アミロイド形成ヘキサペプチドパターンを発見するために,Budapest Amyoid Predictorを適用した。例えば,著者らは,独立して変異した残基(ΔΨxによってマークされる位置)に対して,パターンCxFLWx,FxFLFx,またはxxIVIVがアミロイド形成性であると予測され,一方,PxDxxx,xxKxEx,およびxxPQxxx非アミロイド生成のそれらは,すべてで予測された。2つのx’s(例えば,CxFLWx)を有する各アミロイド形成パターンは,スクシンクトル20 ̄2=400ヘキサペプチドを記述し,一方,4点突然変異(例えばPxDxxx)を含む非アミロイド形成パターンは,全部で20 ̄4160,000ヘキサペプチドを与える。知る限りでは,人工知能ツールまたはスクシンクトアミロイドパターンの同様の応用は,本研究前に記述されなかった。【JST・京大機械翻訳】

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, , , , 【Automatic Indexing@JST】

分子・遺伝情報処理 , 蛋白質・ペプチド一般

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