GeoDiff:分子立体配座生成のための幾何学的拡散モデル【JST・京大機械翻訳】

Xu Minkai; Yu Lantao; Song Yang; Shi Chence; Ermon Stefano; Tang Jian

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202213409751200 整理番号：22P0299573

GeoDiff:分子立体配座生成のための幾何学的拡散モデル【JST・京大機械翻訳】

GeoDiff: a Geometric Diffusion Model for Molecular Conformation Generation

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発行年： 2022年03月06日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年03月06日
JST資料番号： O7000B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

分子グラフからの分子立体配座の予測は化学情報学と薬物発見における基本的問題である。最近,機械学習手法,特に深層生成モデルにより,著しい進展が達成されている。加熱粒子が元の状態から雑音分布に拡散する古典的非平衡熱力学における拡散過程に触発されて,本論文では,分子立体配座予測のためにGeoDiffという新しい生成モデルを提案した。GeoDiffは各原子を粒子として扱い,Markov連鎖として拡散過程を直接逆転させる(即ち,雑音分布から安定立体配座への変換)。しかし,このような生成プロセスのモデル化は,立体配座の尤度が回転不変であるべきであるので,非常に困難である。等変Markovカーネルで進化するMarkov連鎖は,設計によって不変分布を誘発することができ,さらに,望ましい等分散特性を保存するためのMarkovカーネルのためのビルディングブロックを提案する。全体のフレームワークは,(条件)尤度に対する加重変分下限を最適化することにより,エンドツーエンド方式で効率的に訓練できる。多重ベンチマークに関する実験は,GeoDiffが,特に大きな分子に関して,既存の最先端の手法に匹敵するか,同等であることを示した。【JST・京大機械翻訳】

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, , , , 【Automatic Indexing@JST】

分子の立体配置・配座 , 分子構造

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