配列決定に基づくバルクDNAメチロームのための細胞型デコンボリューションパイプラインの系統的評価【JST・京大機械翻訳】

Jeong, Y.; Barros de Andrade e Sousa, L.; Thalmeier, D.; Toth, R.; Ganslmeier, M.; Breuer, K.; Plass, C.; Lutsik, P.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202213450632820 整理番号：22P0028284

配列決定に基づくバルクDNAメチロームのための細胞型デコンボリューションパイプラインの系統的評価【JST・京大機械翻訳】

Systematic evaluation of cell-type deconvolution pipelines for sequencing-based bulk DNA methylomes

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発行年： 2022年03月18日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年03月18日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

配列決定によるDNAメチル化分析は,単一塩基対分解能でメチロームを生じる,ますます一般的になっている。それは,固有読取レベル情報による細胞型不均一性解析に対して,大きな可能性がある。多様なデコンボリューション法は,バルク配列決定に基づくメチロームに基づく細胞型組成を推論するために開発されたが,系統的評価はまだ行われていない。ここでは,比較グループとして,2つのアレイベースの方法,MeDeComとHousemanと共に,Bayesエピ対立遺伝子検出(BED),DXM,PRISM,csmFinder+coMethy,ClubCpGとメチルPurifyの6つの以前に発表された方法について徹底的にベンチマークした。配列決定に基づくデコンボリューション法は,2つの主な段階,情報領域選択と細胞タイプ組成推定からなり,それぞれを個別に評価した。これらの精巧な評価により,異なるタイプの試料で最高の性能を達成する方法を実証した。細胞型デコンボリューション性能は,混合物内の細胞型の数に依存して異なる因子により影響されることを見出した。最後に,処理する必要のあるデータおよび限界を配列決定するための最良の実践的デコンボリューション戦略を提案した。【JST・京大機械翻訳】

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, , 【Automatic Indexing@JST】

遺伝子の構造と化学 , 分子・遺伝情報処理

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