パーキンソン病における重要な遺伝子および経路を同定するためのバイオインフォマティクスおよび次世代シークエンシングデータ解析【JST・京大機械翻訳】

Vastrad, B. M.; Vastrad, C. M.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202213470488970 整理番号：22P0316579

パーキンソン病における重要な遺伝子および経路を同定するためのバイオインフォマティクスおよび次世代シークエンシングデータ解析【JST・京大機械翻訳】

Bioinformatics and next generation sequencing data analysis to identify key genes and pathways influencing in Parkinson's disease

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発行年： 2022年03月01日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年03月01日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

パーキンソン病(PD)は,新規予後の最も一般的診断神経変性疾患同定であり,病因バイオマーカーはPDの管理において中心的な役割を果たす。GEO(Gene Expression Omnibus)データベースからの次世代配列決定(NGS)データセットを用いて,PDにおける差次的発現遺伝子(DEG)を同定した。遺伝子オントロジー(GO)とREACTOME経路濃縮分析を行い,DEGの機能的役割を解明した。蛋白質-蛋白質相互作用(PPI),モジュール,miRNA-hub遺伝子調節ネットワークおよびTF-hub遺伝子調節ネットワークを確立した。受信者動作特性曲線(ROC)分析を用いて,PDにおけるハブ遺伝子の診断値を調査した。全体で,957のDEGが同定され,そのうち478は上方制御され,479は下方制御された遺伝子であった。GOと経路濃縮分析結果は,アップレギュレートされた遺伝子が,主に神経系発達,細胞接合部,輸送体活性,およびニューロン系に集中し,一方,下方制御された遺伝子が,主に刺激,細胞周辺,同一の蛋白質結合,および免疫システムに応答して豊富であったことを明らかにした。構築したPPIネットワーク,モジュール,miRNA-hub遺伝子調節ネットワークおよびTF-hub遺伝子調節ネットワークにおけるトップハブ遺伝子は,OTUB1,PPP2R1A,AP2M1,PIN1,USP11,CDK2,IQGAP1,NEDD4,VIMおよびCDK1であった。さらに,ROC分析はハブ遺伝子が良好な診断値を有することを示した。PD開始と進行に最も密接に関連する経路と共に一連の必須遺伝子を同定した。本結果は,PDの進行,潜在的バイオマーカーおよび治療標的に光を発するより詳細な分子機構を提供する。【JST・京大機械翻訳】

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, , , , 【Automatic Indexing@JST】

分子・遺伝情報処理 , 遺伝子発現

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