Setaria viridisドメイン再配列メチルトランスフェラーゼ(DRM)変異体におけるRNA指向性DNAメチル化の損失に対する限定結果【JST・京大機械翻訳】

Read, A. C.; Weiss, T.; Crisp, P. A.; Liang, Z.; Noshay, J.; Menard, C. C.; Wang, C.; Song, M.; Hirsch, C. N.; Springer, N. M.; Zhang, F.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202213480117598 整理番号：22P0031689

Setaria viridisドメイン再配列メチルトランスフェラーゼ(DRM)変異体におけるRNA指向性DNAメチル化の損失に対する限定結果【JST・京大機械翻訳】

Limited consequences for loss of RNA-directed DNA methylation in Setaria viridis domains rearranged methyltransferase (DRM) mutants

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発行年： 2022年01月05日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年01月05日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

ドメイン再配列メチルトランスフェラーゼ(DRM)は植物種におけるRNA指向性DNAメチル化(RdDM)に重要である。Setaria viridisは,限られた転位可能な要素含有量を持つ比較的コンパクトなゲノムを持つモデル単子葉種である。CRISPRに基づくゲノム編集法を用いて,RdDMの役割を調べるために,S.viridisにおける2つの推定機能的DRM遺伝子に対する機能喪失対立遺伝子を作成した。drm1ab二重変異体植物の分析は,RdDMの消失に対する限定された形態学的結果を明らかにした。全ゲノムメチル化プロファイリングは,CHH配列状況におけるメチル化の広範な損失,特に野生型植物における高CHHメチル化の領域に於ける証拠を提供した。CHHメチル化を欠くいくつかの領域でさえ,CGとCHGメチル化の遺伝子座特異的損失についても証拠を見出した。トランスクリプトームプロファイリングは,drm1ab変異体で変化した発現を有する限られた数の遺伝子を同定した。転写開始部位または近傍プロモーター領域に直接周囲の高CHHメチル化を持つ遺伝子の大多数は,このメチル化が失われても,drm1ab変異体で発現を変化させず,RdDMによる遺伝子発現の限られた調節を示唆した。転移可能な要素の発現の詳細な分析は,drm1ab変異体で転写的に活性化されるいくつかのトランスポゾンを同定した。これらのトランスポゾンは転写抑制の維持に活性RdDMを必要とすると思われる。機能的ドメイン再配列メチルトランスフェラーゼ遺伝子を欠いているSetaria viridis植物の意義記述メチル化プロファイリングは,CHH配列状況におけるDNAメチル化の広範な損失を明らかにした。トランスクリプトーム解析により,RNA指向性DNAメチル化によりサイレンシングされる遺伝子及びトランスポゾンの小さいセットを明らかにした。【JST・京大機械翻訳】

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遺伝子発現 , 遺伝子の構造と化学 , 植物の生化学

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