プレプリント
J-GLOBAL ID:202202213572468320   整理番号:22P0275612

超計量拡散,ラグエネルギー景観および遷移ネットワーク【JST・京大機械翻訳】

Ultrametric Diffusion, Rugged Energy Landscapes and Transition Networks
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資料名:
発行年: 2022年01月17日  プレプリントサーバーでの情報更新日: 2022年04月13日
JST資料番号: O7000B  資料種別: プレプリント
記事区分: プレプリント  発行国: アメリカ合衆国 (USA)  言語: 英語 (EN)
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本論文では,マスター方程式を用いて構築した標準Markov状態モデルのp-adic連続アナログである超メトリックネットワークを導入した。p-adic遷移ネットワーク(または超計量ネットワーク)は,階層的エネルギー景観,エネルギー景観上のMarkov過程,およびマスタ方程式から成る複雑なシステムのモデルである。2つの異なる盆地間の遷移速度が一定関数であり,各盆地内の跳躍過程がp-adic放射関数によって制御されているネットワークに焦点を当てた。このタイプのネットワークに付着したマスター方程式に対するCauchy問題を明示的に解いた。この問題の解は,与えられた初期濃度に対するネットワーク応答である。ネットワークに接続されたMarkovプロセスが保守的であるならば,ネットワークの長期的応答はMarkov連鎖によって制御された。プロセスが保存されないならば,ネットワークには吸収状態がある。この時間が有限時間で吸収状態に達するならば,初期濃度に依存する吸収時間を定義した。ネットワークを吸収状態にもたらすためのネットワークの応答において,それらを高速遷移モードと呼ぶ。高速遷移モードの存在は,エネルギー景観が超計量的(階層的)であるという仮定の結果であり,著者らの理解の最良は,Markov状態モデルの標準的な方法を用いて得ることができない。今日,蛋白質ネイティブ状態は,他の状態から迅速に到達できる速度論的ハブであると広く受け入れられている。高速遷移モードの存在は,超計量ネットワーク上の特定の状態が,速度ハブとして働いていることを意味する。【JST・京大機械翻訳】
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