正確なエピジェネティック時計の構築のための新しい特徴選択法【JST・京大機械翻訳】

Li, A.; Kane, A. E.; Mueller, A.; English, B.; Arena, A.; Vera, D.; Sinclair, D. A.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202213578922146 整理番号：22P0315997

正確なエピジェネティック時計の構築のための新しい特徴選択法【JST・京大機械翻訳】

Novel feature selection methods for construction of accurate epigenetic clocks

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発行年： 2022年02月22日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年02月22日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

エピジェネティクス時計は,さまざまな組織における特異的CpG部位のメチル化状態に基づく年齢の正確な予測を可能にする。これらの予測モデルは,その年代年齢から生物の生物学的年齢を区別するのに使用可能であり,加齢介入の有効性を測定する強力なツールである。エピジェネティクスクロックを効率的に構築する方法の必要性が高まっている。最も一般的なアプローチは,最初に特定の特徴または興味のCpGを同定することなく,全ての測定したCpG部位の弾性ネット回帰モデリングを用いてクロックを作成することである。特徴選択手法の追加は,クロックに含まれるCpGサイトの数を減らすことにより,クロック開発のコストと時間を低減する機会を提供する。ここでは,古典的特徴選択法及び新しい組合せ法をエピジェネティッククロックの開発に適用した。Hannumと同ague(2015)により発表された[ ̄]470,000CpG特徴のヒト全血メチル化データセットに関する特徴選択を行った。様々な特徴選択手法を用いて,年齢を予測するクロックを開発し,すべてのクロックは0.73以上のR2相関スコアを持つ。最も予測的なクロックは,0.87のR2相関スコアのために35のCpGサイトを使用する。また,すべてのクロックにわたる5つの最も頻繁なサイトをモデル化して,0.83のR2相関スコアを有するクロックを構築した。これら2つのクロックは,優れた予測精度を維持し,有意に少ないCpGsを用いるにもかかわらず,年齢予測の精度においてHannumらのモデルより優れている2つの外部データセットで検証される。また,これらのCpG部位の関連する遺伝子調節領域を同定し,将来の加齢研究の標的となる可能性がある。これらの新しい特徴選択アルゴリズムは,時計を築き上げるのに必要なサイトの数を低下させ,通常高価な老化エピジェネティック研究を,通常,コストのコストに費やす。【JST・京大機械翻訳】

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, , , 【Automatic Indexing@JST】

神経の基礎医学 , 老化と死 , 時間,速度,加速度,角速度の計測法・機器 , 単位,標準,標準器,定数

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