ヘイスタックにおける針:結核菌DNAを定量化し結核を診断するためのメタゲノムDNA配列決定【JST・京大機械翻訳】

Chang, A.; Mzava, O.; Djomnang Kounatse, L.-A.; Lenz, J.; Burnham, P.; Kaplinsky, P.; Andama, A. O.; Connelly, J.; Bachman, C. M.; Cattamanchi, A.; Steadman, A.; De Vlaminck, I.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202213604969547 整理番号：22P0335112

ヘイスタックにおける針:結核菌DNAを定量化し結核を診断するためのメタゲノムDNA配列決定【JST・京大機械翻訳】

A needle in a haystack: metagenomic DNA sequencing to quantify Mycobacterium tuberculosis DNA and diagnose tuberculosis

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発行年： 2022年04月16日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年04月16日
JST資料番号： O7002B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

背景:結核(TB)は世界的に死亡率の重大な原因である。メタゲノム次世代配列決定は,活性疾患のバイオマーカーを明らかにし,共感染を同定し,喀痰または培養陰性症例に対する検出を改善する可能性がある。方法:結核診断のためのショットガンメタゲノムDNA配列決定アッセイの有用性を評価するために,TB風土病と非流行地域の334個体からの427血漿,尿,および経口スワブ試料の大規模比較研究を行った。所見は,陰性,非TBコントロールコホートの選択が診断試験の測定した性能に強い影響を与えることを見出した:非流行地域からの対照患者コホートの使用は,ほぼ100%の特異性と感受性を有する試験を生じたが,TB風土病地域からの対照は,非結核性マイコバクテリアDNAの高い背景を示し,試験の診断性能を限定した。マッチしたqPCRデータと数学的モデリングおよび定量的比較を用いて,結核菌DNAの負荷がTB風土病地域の試料中のマイコバクテリアに由来するDNAの全存在量の非常に小さな画分(0.04またはそれ以下)を構成することを見出した。介入Our所見は,結核診断に対するメタゲノム配列決定分析の有用性が,肺外部位でのM.tuberculosisの低負荷と,非結核性マイコバクテリアDNAの圧倒的な生物学的背景により制限されることを示す。この作業は国立衛生研究所,Raiin Foundation,国立科学財団,およびBillとMelinda Gate Foundationによって支持された。【JST・京大機械翻訳】

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感染症・寄生虫症の診断

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