銀河-SynBioCAD:合成生物学設計と工学のための自動化パイプライン【JST・京大機械翻訳】

Herisson, J.; Duigou, T.; du Lac, M.; Bazi-Kabbaj, K.; Sabeti Azad, M.; Buldum, G.; Telle, O.; El-Moubayed, Y.; Carbonell, P.; Swainston, N.; Zulkower, V.; Kushwaha, M.; Baldwin, G.; Faulon, J.-L.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202213648776452 整理番号：22P0316208

銀河-SynBioCAD:合成生物学設計と工学のための自動化パイプライン【JST・京大機械翻訳】

Galaxy-SynBioCAD: Automated Pipeline for Synthetic Biology Design and Engineering

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著者 (14件)： , , , , , , , , , , , , ,
資料名：
発行年： 2022年02月23日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年02月23日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

著者らは,合成生物学,代謝工学,および産業バイオテクノロジーのための最初の道具であるGalaxy-SynBioCADポータルを紹介する。ポータルで現在共有されているツールとワークフローは,菌株と標的の選択からエンドへの代謝経路設計および工学プロセスをカバーする菌株のライブラリーの構築を可能にし,DNA部品のデザインは,プラスミドアセンブリと菌株変換のための液体ハンドラーを駆動するスクリプトの創製に組み立てられる。SBMLとSBOLのような標準フォーマットを用いて,工具の互換性を強制した。4つの異なる部位で実施した研究において,E.coli リコペン産生株のライブラリーの構築による経路設計と工学の間のリンクを説明した。また,文献と専門家検証経路に関するワークフローをベンチマークした。全体として,ワークフローにより生成されたトップ10経路間の検証経路検索において83%の成功率を見出した。【JST・京大機械翻訳】

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, , , , 【Automatic Indexing@JST】

代謝と栄養 , 遺伝子発現

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