抄録/ポイント：
抄録/ポイント
文献の概要を数百字程度の日本語でまとめたものです。
部分表示の続きは、JDreamⅢ(有料)でご覧頂けます。
J-GLOBALでは書誌(タイトル、著者名等)登載から半年以上経過後に表示されますが、医療系文献の場合はMyJ-GLOBALでのログインが必要です。
転写因子はゲノムを読み,基本的にDNA配列を多様な細胞型にわたって遺伝子発現に連結する。TFがクロマチンに結合するかどうかの決定は,遺伝子調節ネットワークと細胞挙動の理解を前進させる。2017ENCODE-DREAM in vivo転写-Factor結合サイト(TFBS)予測チャレンジは,TFBS予測に対するクロマチンアクセシビリティデータの価値を強調し,DNアーゼ-seqからのTFBS予測の最先端技術を確立した。しかしながら,より最近のアッセイ-for-Transposase-Accessable-Chromatin(ATAC)-seqは,最も広く使用されたクロマチンアクセシビリティプロファイリング法として,DNアーゼ-seqを凌駕した。さらに,ATAC-seqは標準市販プラットフォームからの単一細胞解像度で利用可能な唯一のそのような技術である。ATAC-seqデータセットは指数的に成長するが,準最適モチーフ走査は,ATAC-seqからのTFBS予測のための最も一般的な方法である。ATAC-seqから最先端のTFBS予測へのコミュニティアクセスを可能にするため,(1)ATAC-seqモデル訓練のための広範なベンチマークデータセット(127TFs)と(2)構築”maxATAC”を,任意の細胞型におけるATAC-seqからのゲノムワイドTFBS予測のための一連のユーザフレンドリーな深層ニューラルネットワークモデル,を整理した。127のヒトTFsに対して利用可能なモデルを用い,maxATACは,ATAC-seq.maxATAC性能に対する高性能TFBS予測モデルの最初の収集であり,in vivoでのTFBS予測の改善を可能にする,初代細胞および単一細胞ATAC-seqに拡張する。アトピー性皮膚炎遺伝的リスク遺伝子座における対立遺伝子依存性クロマチンアクセシビリティに関連するTFBSを同定することにより,maxATACs能力を示した。転写因子と呼ばれるAuthor SummaryProteinは,ゲノムを解釈し,DNA配列とクロマチン状態の両方を読み,ヒト細胞型の多様性にわたる遺伝子発現を組織化する。任意の細胞タイプにおいて,ほとんどのクロマチンは「アクセス不能」であり,必要な遺伝的コードのそれらの部分だけは,遺伝子発現と細胞挙動に影響する転写因子結合のために「アクセス可能」である。転写因子の束は,与えられた細胞型および状況(例えば,年齢,疾患)で発現され,それらの状況特異的DNA結合部位の知識は,転写因子が健康または疾患における細胞挙動をどのように調節するかを明らかにするのに重要である。しかし,全ての細胞型と状況にわたって>1,600のヒト転写因子を実験的にプロファイリングすることは実行不可能であった。アクセス可能なクロマチンATAC-seqの測定から転写因子結合を予測するために,一連の計算モデル「maxATAC」を構築した。重要なことに,ATAC-seqは単一細胞解像度でも実現可能である。したがって,このデータタイプは,最大ATACと組み合わせて,生理学的および疾患設定から分離される直接関連細胞型における転写因子結合部位を推論するために使用可能であり,遺伝的変異体および細胞状況が転写因子結合,遺伝子発現パターンおよび疾患リスクにどのように影響するかを含む疾患メカニズムへの洞察を可能にする。【JST・京大機械翻訳】
