湾曲した遺伝子間領域を用いたバルクおよび単一細胞RNA-Seqにおける発現状態のロバスト推定【JST・京大機械翻訳】

Fonseca Costa, S. S.; Rosikiewicz, M.; Roux, J.; Wollbrett, J.; Bastian, F. B.; Robinson-Rechavi, M.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202213881241968 整理番号：22P0326157

湾曲した遺伝子間領域を用いたバルクおよび単一細胞RNA-Seqにおける発現状態のロバスト推定【JST・京大機械翻訳】

Robust inference of expression state in bulk and single-cell RNA-Seq using curated intergenic regions

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発行年： 2022年04月01日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年04月01日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

RNA-Seqは遺伝子発現に関する定量的情報を提供する強力な技術である。多くの応用は推定発現レベルに集中しているが,どの遺伝子が活発に転写され,そうではないかを決定することも重要である。この問題は,発現した遺伝子を呼び出すための生物学的に意味のある閾値を単純に設定することと見なすことができる。ゲノムの遺伝子間領域にマッピングされた読み取り量によって推論される非発現ゲノム特徴に対するバックグラウンドレベルに対して,この閾値をサンプルごとに定義することを提案する。この目的のために,まず,各種の利用可能なバルクRNA-Seqライブラリーに基づいて,参照遺伝子間領域の厳密なセットを定義した。著者らは,Bgeeデータベースを通して異なるゲノム注釈品質を有する異なる動物種のために選択された事前定義領域を提供した。次に,それらの発現レベルがバックグラウンドノイズより有意に高いならば,発現した遺伝子を呼んだ。このアプローチは,単一ライブラリーだけでなく単一細胞RNA-Seq,および1つの条件にわたるライブラリーの組み合わせにも応用できる。発現遺伝子の推定割合は,モデルと非モデル生物の両方で同じ組織に由来するライブラリー間で生物学的に意味があり,安定であることを示した。【JST・京大機械翻訳】

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, , , , 【Automatic Indexing@JST】

分子・遺伝情報処理

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