欠損値を持つ実験条件の百万から構築したグローバルAnopheles gambiae遺伝子共発現ネットワーク【JST・京大機械翻訳】

Kuang, J.; Buchon, N.; Michel, K.; Scoglio, C. M.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202213961588640 整理番号：22P0031550

欠損値を持つ実験条件の百万から構築したグローバルAnopheles gambiae遺伝子共発現ネットワーク【JST・京大機械翻訳】

A global Anopheles gambiae gene co-expression network constructed from hundreds of experimental conditions with missing values

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発行年： 2022年01月04日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年01月04日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

遺伝子共発現ネットワークを用いて,遺伝子調節および生物学的過程に対する属性遺伝子機能を決定した。1および2チャンネルマイクロアレイおよびRNA配列決定を含む異なるハイスループット技術は,数千の遺伝子発現データを同時に評価できるが,これらの方法論は,直接比較できない結果を提供する。したがって,遺伝子間の共発現関係を解析するのは,特に,実験理由で生ずる欠損値が存在するとき,複雑である。ネットワークは遺伝子共発現を研究するための有用なツールであり,そこで,ノードは遺伝子とエッジが遺伝子のペアの共発現を表す。本論文では,異なる方法論と実験計画で得られた257のユニークな研究からAnopheles gambiaeトランスクリプトームに対する遺伝子共発現ネットワークを構築するための方法を提案した。高いピアソン相関係数を持つノードペアを選択するために,スライディング閾値アプローチを導入した。この方法のロバスト性を,条件のランダム除去の下でエッジ重量分布を比較することによって検証した。構築したネットワークの特性を,ノード度分布,コアネス,およびコミュニティ構造を含む,本論文で研究した。ネットワークコアは,ミトコンドリア呼吸鎖とリボソームの成分をエンコードする遺伝子からなり,一方,異なるコミュニティは,異なる生物学的過程に関与する遺伝子のために豊富である。これは,全体的なネットワーク構造が必須細胞機能の統合を最大化するために駆動され,おそらく新しい機能を追加する柔軟性を可能にすることを示唆する。【JST・京大機械翻訳】

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, , , , , , , 【Automatic Indexing@JST】

遺伝子発現 , 分子・遺伝情報処理

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