ODEBase:システム生物学のためのODEシステムのリポジトリ【JST・京大機械翻訳】

Lueders Christoph; Sturm Thomas; Radulescu Ovidiu

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202213980277419 整理番号：22P0278140

ODEBase:システム生物学のためのODEシステムのリポジトリ【JST・京大機械翻訳】

ODEbase: A Repository of ODE Systems for Systems Biology

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発行年： 2022年01月22日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年01月22日
JST資料番号： O7000B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

最近,記号計算およびコンピュータ代数システムは,特に化学反応ネットワーク理論において,システム生物学において首尾よく適用されてきた。記号的計算の1つの利点は,生物学的質問に対する定性的な回答の可能性である。定性的方法は,数値シミュレーションの場合のように,状態空間の一部だけの調査とは対照的に,形式的オブジェクトとして動的入力システムを分析する。しかし,記号計算ツールとライブラリは,それらの数値対応物よりも入力データに対する要求の異なるセットを持っている。生物学的過程の数学的モデリングに用いられる一般的フォーマットはSBMLである。記号計算におけるSBMLデータの使用は,外部生物学的および数学的専門知識を組み込んだ重要な前処理を必要とすることを例証した。ODEbaseは,確立された既存のバイオモデル,特にBioModelsデータベースをカバーする高品質記号計算入力データを提供する。【JST・京大機械翻訳】

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分子・遺伝情報処理

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