時系列Hi-Cデータからの4D染色体構造の予測【JST・京大機械翻訳】

Highsmith, M. R.; Cheng, J. R.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202214026312226 整理番号：22P0252843

時系列Hi-Cデータからの4D染色体構造の予測【JST・京大機械翻訳】

Prediction of the 4D Chromosome Structure From Time-Series Hi-C Data

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発行年： 2020年11月11日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2020年11月11日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

※このプレプリント論文は学術誌に掲載済みです。なお、学術誌掲載の際には一部内容が変更されている可能性があります。

クロマチン立体配座は多様なゲノム過程で重要な役割を果たす。Hi-Cデータは,AB区画,トポロジー関連ドメイン,および3D構造モデルのようなクロマチンの構造特性を分析するために頻繁に使用される。最近,ゲノムコミュニティは,クロマチン動力学において時間にわたって興味が高まりつつある。ここでは,動的染色体立体配座を予測するために時系列Hi-Cデータを用いる新しい方法である4DMaxを提示する。誘導多能性幹細胞リプログラミングと心筋細胞分化のようなプロセスからの合成データとリアルタイム時系列Hi-Cデータの両方を用いて,個々の染色体の流体4次元モデルを構築した。これらの予測4Dモデルは,時間を通してクロマチン位置を効果的に補間し,間欠時点における未知のHi-C接触マップの予測を可能にした。結果は,4DMaxが,Hi-Cデータがアルゴリズムに利用可能でない時点でも,AB区画やトポロジー関連ドメインのようなクロマチンの高次特徴を正確に回復することを示した。4DMaxの使用は,動的クロマチン変化の貴重な可視化を提供しながら,中間時点を補間することによって高価なHi-C実験のコストを軽減する。【JST・京大機械翻訳】

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分子遺伝学一般 , 遺伝子の構造と化学

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