部分重複によるサブストリングからの再構成【JST・京大機械翻訳】

Yehezkeally Yonatan; Bar-Lev Daniella; Marcovich Sagi; Yaakobi Eitan

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202214089015051 整理番号：22P0346078

部分重複によるサブストリングからの再構成【JST・京大機械翻訳】

Reconstruction from Substrings with Partial Overlap

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発行年： 2022年05月08日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年05月08日
JST資料番号： O7000B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

本論文は,DNAデータ保存と配列決定における応用によって動機づけられる再構成コードの新しいファミリーを紹介した。そのような応用において,DNA鎖はそれらのサブストリングのサブセットを読むことにより配列決定される。以前の研究では,いくつかの固定長の全てのサブストリングが読取り,または,サブストリングが重複なしで読まれるという2つの極端なケースを考慮したが,本研究では,連続したサブストリングが,与えられた最小オーバラップで読まれるセットアップを考察した。最初に,上限を,独特の再構成を保証するコードの到達可能速度に関して提供した。次に,上限を満たす漸近的最適符号の効率的構築を示した。【JST・京大機械翻訳】

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, 【Automatic Indexing@JST】

符号理論 , 遺伝子の構造と化学 , 分子遺伝学一般

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