柔軟な種子サイズは超高速で正確な読取アラインメントを可能にする【JST・京大機械翻訳】

Sahlin, K.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202214133624834 整理番号：21P0258284

柔軟な種子サイズは超高速で正確な読取アラインメントを可能にする【JST・京大機械翻訳】

Flexible seed size enables ultra-fast and accurate read alignment

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資料名：
発行年： 2022年05月25日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年05月25日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

ゲノムへのReadアラインメントは,多くの生物情報学分析で使用される基本的計算ステップであり,しばしば,それは計算ボトルネックである。したがって,精度を損なうことなく,できるだけ速くアラインメントステップを実行することが望ましい。ほとんどのアラインメントアルゴリズムは,時間消費シードステップが候補マッピング位置を特定し,決定する,シードアンドエンドアプローチを考慮する。最近,いくつかの進歩が,高速配列比較のための播種方法に関してなされた。著者らは,動的サイズのファジィシードを構築するための新しいシーディングアプローチにおいて,2つのそのような方法,シンセマーとストロベマーを結合し,短読取装置,ストロボイレントにおける方法を実装する。最初に,著者らのシーディングは,新しいメトリックEヒットを用いて,シードステップにおける反復性を構築し,効果的に低減することを示した。第2に,著者らは,シミュレーションおよび生物学的データに関して,伝統的および最近提案されたアラインメント者に対して,スロベレントをベンチマークし,そして,より最近提案されたアラインメント者より,より高速でより正確である間,BWAおよびBowtie2のような従来のアラインメント者よりも,ストロボイラシーが数倍高速であることを示した。このアラインメント器は,多くのパイプラインにおける読取アラインメントに必要な,実質的な時間と計算資源を解放できる。アベイラビリティhttps://github.com/ksahlin/strobealign。【JST・京大機械翻訳】

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, , , , , 【Automatic Indexing@JST】

遺伝子の構造と化学 , 分子・遺伝情報処理

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