抄録/ポイント：
抄録/ポイント
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【背景】宇宙トランスクリプトミクスは,無傷の組織切片における遺伝子発現の空間マップを作り出すために,組織イメージングとトランスクリプトームワイドRNA配列決定の強度を組み合わせる次世代シークエンシング技術である。10xゲノムVisiumとVisium-Immuno蛍光(Visium-IF)プラットフォームは,空間的に分解された遺伝子発現を定量化するための広く利用可能な市販技術である。これらの技術は,組織切片に関する豊富な形態学的情報を含む高分解能組織学的または免疫蛍光画像と遺伝子発現を直接結合させる。しかし,遺伝子発現データによる画像特徴の抽出と統合は,困難なままである。【結果】MATLABを用いて,10xゲノムVisiumとVisium-IFプラットフォームから高解像度画像を処理,分析,および相互作用的に可視化するパイプラインであるVistoSegを開発した。次に,VistoSegからの出力は,RまたはPythonのような一般的なプログラミング言語を用いた下流解析における空間-分子情報と統合できる。【結語】VistoSegは,空間分解遺伝子発現データによる組織学的および免疫蛍光画像から画像由来計量を統合するためのユーザフレンドリーなツールを提供する。この統合アプローチは組織構造内の転写景観の理解を前進させる。VistoSegはhttp://research.libd.org/VistoSeg/で自由に利用可能である。遺伝子発現として参照される遺伝子活性レベルを測定する影響状態技術は,数十年にわたって進化し,ゲノミクス内のトランスクリプトミクスサブフィールドのコアである。個々の細胞遺伝子発現を記述する最初の報告は2009年であり,2014年に商業的に利用可能になった。単一細胞トランスクリプトミクスは,ホモジェネート組織を超えて分解能を増加させたが,空間トランスクリプトミクス技術の出現とVisiumのような空間遺伝子発現プラットフォームの商業的有用性は,解剖学的状況における遺伝子発現の研究を容易にした。Visiumは,組織の単一6.5mm ̄2凍結切片の組織学的組織内の局所遺伝子発現を測定する。空間分解トランスクリプトミクスは,新しい挑戦を提供する:高解像度組織画像(明視野組織学または蛍光抗体染色)と空間遺伝子発現の統合。VistoSeg画像処理ソフトウェアは,組織学的および免疫蛍光画像を用いた空間分解トランスクリプトミクスアッセイである10xゲノムからのVisiumおよびVisium-IFと互換性がある。これらの画像から,細胞の数,細胞型の同一性,および他の画像由来マーカーは,ゲノムワイド遺伝子発現も測定される数千の2375{マイクロ}m2スポットに対して得られる。VistoSegは,これらの2つの高次元データタイプを統合するための遺伝子発現マップの文脈でこれらの画像を処理できるツールを提供し,従ってトランスクリプトミクスにおける新しいフロンティアをロックするのを助ける。【JST・京大機械翻訳】
