平滑筋肉腫の遺伝子調節景観における不均一性【JST・京大機械翻訳】

Belova, T.; Biondi, N.; Hsieh, P.-H.; Lutsik, P.; Chudasama, P.; Kuijjer, M. L.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202214304588980 整理番号：22P0334483

平滑筋肉腫の遺伝子調節景観における不均一性【JST・京大機械翻訳】

Heterogeneity in the gene regulatory landscape of leiomyosarcoma.

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発行年： 2022年10月27日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年10月27日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

軟組織肉腫は,稀で,非常に不均一で,非常に悪性の悪性腫瘍の群である。腫瘍間不均一性の特性化は,患者の多様な分子サブグループの存在が疾患転帰または治療への応答と関連するので,適切な肉腫治療を選択するために重要である。癌サブタイプは遺伝子発現の違いにより特性化されることが多いが,これらの差異を駆動する機構は一般に知られていない。このため,肉腫不均一性を駆動する調節機構をモデル化する。患者特異的,ゲノムワイド遺伝子調節ネットワークに基づく軟組織肉腫をサブタイプ化し,平滑筋組織で生じる最も一般的な軟組織肉腫サブタイプの平滑筋肉腫-オンにおける顕著な調節不均一性を見出した。この調節不均一性を特性化するために,新しい計算フレームワークを開発した。方法:PORCUPINEは,患者集団にわたって有意な調節不均一性を示す経路を同定するために,置換に基づくネットワーク分析と生物学的経路に関する知識を組み合わせる。癌ゲノムアトラスからのデータでモデル化した患者特異的平滑筋肉腫ネットワークにPORCUPNEを適用し,ドイツ癌研究センターからの独立したデータセットで結果を検証した。PORCUPINEは,FGFRおよびCTLA4阻害シグナル伝達のような平滑筋肉腫患者のサブグループの治療に対する潜在的標的を示す経路を含む37の不均一調節経路を同定した。平滑筋肉腫細胞株におけるネットワークとクロマチン状態の分析により,検出した調節不均一性を検証した。加えて,PORCUPNEで同定された不均一性はメチル化プロファイルまたは臨床的特徴と関係しておらず,それにより遺伝子調節相互作用の複雑な景観により駆動される患者不均一性の独立した機構を示唆した。【JST・京大機械翻訳】

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腫ようの化学・生化学・病理学 , 運動器系の腫よう

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