抄録/ポイント：
抄録/ポイント
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集団および/または無関係な2倍体個体のセット間の遺伝的距離を記述するFSTパラメータ,および対立遺伝子計数データからの遺伝的構造を表す樹木を一緒に推論するための高速,新しいアルゴリズムを導入した。推論された木は,典型的には分裂と発散の歴史的過程を反映するが,その目的は,分岐長によって規定されたFST値によって,実際の遺伝的分散を表すことである。遺伝的分散の共有および非共有成分を測定する,サンプリングされた対立遺伝子対の相関およびミスマッチ確率を介してFSTを定義するための2つの主要なアプローチを一般化した。二倍体個体は,2つの配偶子の集団として処理することができ,個体および個体群,または2つの組合せに対するコサントリー係数の推論を可能にする。シミュレーション研究は,FST値の高速法-モーメント推定が,複数の集団/個人に対して同時に,先祖対立遺伝子頻度に関するプール情報により,ペアワイズアプローチに対して統計的効率を獲得することを示した。1000のゲノムプロジェクトの26の世界中のヒト集団からゲノムワイド遺伝子型に著者らのアプローチを適用した。著者らは最初に個体群レベルで分析し,次に,個体のサブセットと最終解析において,より均一な個体群から個体をプールした。この柔軟な解析手法は,集団構造/共感に対する従来のアプローチよりも多くの利点を与えるが,これは,集団内および集団間の遺伝的差異の相対的大きさに関する長年の疑問の視覚的および定量的評価を含む。著者の要約は,対立遺伝子頻度データを用いた一連の個体群間の遺伝的距離,樹木における測定および可視化の新しい方法を提案した。二倍体個体内の2つのゲノムは小集団として処理され,個体群内および個体群間の遺伝的変異を研究するための柔軟なフレームワークを可能にする。遺伝的構造は,例えば混和剤により,均一個体群または遺伝的に多様な個体のいずれかを示すノードを持つ樹木において,正確にかつ効率的に表現できる。著者らは最初に,遺伝的距離,FST,樹木構造個体群および個体に対する長期確立された測度を一般化し,それらの共有および非共有遺伝的変異に対応する個体群の各対に対して2つの尺度が必要であることを見出した。著者らは,著者らの新しいツリーベースの推定器が現在のペアワイズ推定器よりも効率的であり,著者らは,世界中のヒト遺伝的データセットを用いて,個体群内および個体群間の遺伝的変異を探索し,可視化する新しい方法の可能性を説明した。【JST・京大機械翻訳】
