GBRAP:ウイルスおよび細菌種のGenBankファイルを検索,解析し,解析するためのツール【JST・京大機械翻訳】

Vischioni, C.; Giaccone, V.; Catellani, P.; Alberghini, L.; Scapin, R. M.; Taccioli, C.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202214556623788 整理番号：21P0267249

GBRAP:ウイルスおよび細菌種のGenBankファイルを検索,解析し,解析するためのツール【JST・京大機械翻訳】

GBRAP: a tool to retrieve, parse and analyze GenBank files of viral and bacterial species

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発行年： 2022年01月31日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年01月31日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

Summary GenBankファイルは,配列決定された生物のゲノムデータを含む。ここでは,GBRAP(GenBank Retrieving,Analysis and Parsingソフトウェア)を提示し,各種に対して1つ以上のゲノム配列を含む場合でも,ウイルスおよび細菌GenBankファイルを容易にダウンロード,解析できるPython3で書かれたツールである。GBRAPは,各生物のゲノム特徴を示す単一テーブルを出力する単一コマンドラインパラメータを通して,より多くのファイルを同時に分析できる。また,異なる数学的方法を用いて得たChargaffs第2パリティ則スコアと共に,全ゲノムとその構成要素(例えば遺伝子,rRNA,tmRNAsおよびncRNA)の両方に対するShannon,LZSS(Lempel-Ziv-Storer-Szymanski)およびトポロジーエントロピーを計算することができた。さらに,GBRAPは,各DNA鎖に対するゲノム成分の数,長さおよびヌクレオチド存在量,および2つの相補的ヘリックス間の重複領域を計算することができる。知る限りでは,これは単一ツールで一緒にこの型のゲノム解析を提供できる唯一のソフトウェアであり,従ってゲノム学と進化研究の両方に興味を持つ科学者により使用できる。アベイラビリティと実装は,合理的要求に関する対応する著者から利用可能である。【JST・京大機械翻訳】

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, , , , 【Automatic Indexing@JST】

遺伝子の構造と化学 , 分子・遺伝情報処理

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