バッチベンチを用いた単一細胞RNA-seqのためのバッチ補正法の柔軟な比較【JST・京大機械翻訳】

Chazarra-Gil, R.; van Dongen, S.; Kiselev, V. Y.; Hemberg, M.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202214618408153 整理番号：22P0235957

バッチベンチを用いた単一細胞RNA-seqのためのバッチ補正法の柔軟な比較【JST・京大機械翻訳】

Flexible comparison of batch correction methods for single-cell RNA-seq using BatchBench

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発行年： 2020年05月27日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2020年05月27日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

※このプレプリント論文は学術誌に掲載済みです。なお、学術誌掲載の際には一部内容が変更されている可能性があります。

単一細胞RNA-seq実験のコストが減少するので,データセットの数の増加が現在利用可能である。新しく生成したおよび公的にアクセス可能なデータセットの組み合わせは,バッチ効果として一般に知られている非生物学的シグナルにより困難である。バッチ効果を除去することができるいくつかの計算方法があるが,どの方法が最良であるかを評価することは簡単ではない。ここでは,単細胞RNA-seqデータに対するバッチ補正法を比較するためのモジュール式で柔軟なパイプラインであるバッチBench(https://github.com/cellgeni/batchbench)を提示した。バッチBenchを8つの方法に適用し,それらの方法論的差異を強調し,よく研究されたデータセットのコンペンディウムを通して,それらの性能と計算要求を評価した。この系統的比較は,バッチ補正ツールの選択におけるユーザをガイドし,パイプラインは,他のデータセットの評価を容易にする。【JST・京大機械翻訳】

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, , , 【Automatic Indexing@JST】

分子・遺伝情報処理 , 遺伝子発現

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