抄録/ポイント:
抄録/ポイント
文献の概要を数百字程度の日本語でまとめたものです。
部分表示の続きは、JDreamⅢ(有料)でご覧頂けます。
J-GLOBALでは書誌(タイトル、著者名等)登載から半年以上経過後に表示されますが、医療系文献の場合はMyJ-GLOBALでのログインが必要です。
DNAと相互作用する蛋白質の知識は,遺伝子調節の理解に必須である。数千の転写因子(TF)に対するDNA結合特異性が決定されたが,それらの構造界面から成る特異的アミノ酸-塩基相互作用はほとんど未知である。この分解能の欠如は,疾患で変異した非特性化TFまたはTFの特異性を予測するために,これらのデータを利用する試みを妨げる。ここでは,rCLAMPS(蛋白質-DNA構造界面の自動化マッピングを介した認識コード学習),同じ構造ファミリーからのTFに対するDNA結合特異性を用いる確率的アプローチを導入し,両ヌクレオチド位置がTF内の特定のアミノ酸と接触し,各塩基接触アミノ酸とDNA位置でのヌクレオチド選択性とを関連付ける認識コードの両方を同時に推論する。後生動物におけるTFの2番目に大きなファミリーであるホメオドメインにrCLAMPSを適用し,TFsに対するde novo DNA結合特異性を予測できる高度に効果的な認識コードを学習することを示した。さらに,推定アミノ酸-ヌクレオチド接触は,個々の結合部位位置でのヌクレオチド選択がTF内の変異によりどのように変化するかを明らかにした。本アプローチは,DNA結合特異性の大 compから蛋白質-DNA特異性の決定因子を自動的に解明する重要な段階であり,疾患で変異したTFの変化した機能を与える。【JST・京大機械翻訳】