ルート整列SMILES:化学反応予測のためのタイト表現【JST・京大機械翻訳】

Zhong Zipeng; Song Jie; Feng Zunlei; Liu Tiantao; Jia Lingxiang; Yao Shaolun; Wu Min; Hou Tingjun; Song Mingli

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202214749956989 整理番号：22P0308094

ルート整列SMILES:化学反応予測のためのタイト表現【JST・京大機械翻訳】

Root-aligned SMILES: A Tight Representation for Chemical Reaction Prediction

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発行年： 2022年03月21日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年08月12日
JST資料番号： O7000B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

※このプレプリント論文は学術誌に掲載済みです。なお、学術誌掲載の際には一部内容が変更されている可能性があります。

化学合成と逆合成予測を含む化学反応予測は,有機合成における基本的問題である。ポピュラーな計算パラダイムは,典型的なSMILESが分子表現のために採用されるシーケンス-シーケンス翻訳問題として合成予測を定式化する。しかし,汎用SMILESは化学反応の特性を無視し,そこでは,分子グラフトポロジーが反応物から生成物へ大きく変化せず,直接適用すればSMILESの準最適性能をもたらす。本論文では,より効率的な合成予測のために,製品と反応物SMILES間の緊密に整列した1対1マッピングを指定する,根配列SMILES(R-SMILES)を提案した。厳密な1対1マッピングと減少した編集距離のため,計算モデルは,複雑な構文学を学習して,反応のための化学的知識を学習するために,主に緩和される。本提案のR-SMILESを様々な最先端の基準線と比較し,提案手法の優越性を実証した。【JST・京大機械翻訳】

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, , , , , , , 【Automatic Indexing@JST】

分子・遺伝情報処理 , 薬物の構造活性相関

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